1. Contexte scientifique

Le projet snoboard s'inscrit dans l'ANR metribo. Il a pour but de proposer un catalogue de modifications guidés par des petits ARN non codants (guide). Ce catalogue sera accessible par une interface web, mais aussi de façon programmatique (api, requêtes directes sur la base de données/connaissance)

2. Description de la demande

L'objectif de ce livrable est de comparer un ARN entre, ou au sein de, plusieurs espèces.

Les données doivent permettre de comparer les cibles venant:

• plante (A. Thaliana)
• humaine (H. Sapiens)
• levure (S. cerevisiae)
• tomate (S. lycopersicum)

Nous incorporerons les données suivantes, qui concernent les guides, cibles et modification, ainsi que leurs interactions:

Organisme	Source	2'-O-méthylations	pseudouridylation	C/D box	H/ACA box	scaRNA	Duplexes
A. thaliana	partenaires	✓	✓	✓	☐		_**
H. sapien	snoRNA-db (LBME)	✓	✓	✓	✓	✓	✓
S. cerevisiae	fournierlab	✓	✓*	✓	✓		✓
S. lycopersicum	-	☐	☐	☐	☐		☐

• ✓ données déjà inclues
• ☐ données à inclure
• Manque la cible U2
• _** réalisé pour C/D box uniquement

Un choix des outils de comparaison pour générer les données sera effectué

3. Organisation

3.1 Planning

Cette version doit être réalisée pour février 2025.

3.2 Personnes

Implémentation: Philippe Bordron.

Tests du traitement: Julien Touchais, Philippe Bordron, Christine Gaspin.

3.3 Ressources matérielles

Une VM fournie par la pf genotoul-bioinfo pour le déploiement dev, pre-prod et prod.

3.4 Ressources financières

Le projet snoboard est financé par le projet d'ANR Metribo

4. Échéancier

• février 2025

5. Critères de validations

L'interface web est validé par JT, CG, et PB en navigant dessus et en testant les composants.

6. Suivi du projet

Les CR des réunions du projets sont disponibles là : https://nextcloud.inrae.fr/f/104651389

7. Revue de projet et modifications du planning et des ressources

7.1 Revue de projet 2024-10-04

Ce livrable a été créé afin de découpler le site web/api/base de donnée et le contenu de la base.

7.2 Revue de projet 2025-02-14

Ce qui a été fait

• Nettoyage des données
• Alignements

Il manque les données HACA et duplexes associés sur A. thaliana que Christine doit fournir

Philippe doit inclure les données de la tomate que Christine lui a envoyé

Décisions

La publication de ces donnéess HACA et Pseudouridilation pour A. thaliana sera sous embargo jusqu'à la publication de l'article.

On repousse la livraison du livrable d'ici fin mars 2025

Pas de modification de ressources pour ce livrable.