1. Contexte scientifique

Le projet snoboard s'inscrit dans l'ANR metribo. Il a pour but de proposer un catalogue de modifications guidés par des petits ARN non codants (guide). Ce catalogue sera accessible par une interface web, mais aussi de façon programmatique (api, requêtes directes sur la base de données/connaissance)

Les données proposées seront curées et annotées par des information de

• provenance,
• confiance/correction (+/- vrai faux)
• qualité (prédit/confirmé/évidence)
• conservation inter espèce
• les gènes associés (zone introniques/exonique/intergénique)

2. Description de la demande

Le développement doit permettre de comparer des organismes.

Nous ajouterons des données:

• humaine (H. Sapiens)
• levure (S. cerevisiae)
• achea (P. Abyssi)
• algue (O. Tauri)

Un choix des outils de comparaison pour générer les données sera effectué

3. Organisation

3.1 Planning

Cette version doit être réalisée pour mai 2024.

3.2 Personnes

Implémentation: Julien Touchais, Philippe Bordron.

Tests du traitement: Julien Touchais, Philippe Bordron, Christine Gaspin.

3.3 Ressources matérielles

Une VM fournie par la pf genotoul-bioinfo pour le déploiement dev, pre-prod et prod.

3.4 Ressources financières

Le projet snoboard est financé par le projet d'ANR Metribo

4. Échéancier

• début avril 2024: version du site en pré-prod.
• mai 2024: version publique du site.

5. Critères de validations

L'interface web est validé par JT, CG, et PB en navigant dessus et en testant les composants.

6. Suivi du projet

Les CR des réunions du projets sont disponibles là : https://nextcloud.inrae.fr/f/104651389

7. Revue de projet et modifications du planning et des ressources

7.1 Revue de projet 2024-10-04

Julien a démarrer ce livrable début juillet et travaille sur la partie alignement multiple.

Le livrable comporte 2 parties: le client web et l'api Les données font l'objet d'un autre livrable.

Ce qui a été fait

À ce stade, l'alignement des cibles est visualisable et est manipulable. L'ajout des données contextuelles, comme la visualisation des modifications sur les cibles n'est pas encore en place.

L'API n'a pas encore été réfléchie.

Décisions

Étant donné le retard au démarrage, la date de livraison est prévue pour fin janvier 2025

Pas de modification de ressources pour ce livrable.

7.2 Revue de projet 2025-02-14

Ce qui a été fait

L'ajout des données contextuelles, comme la visualisation des modifications sur les cibles est en place.

L'API est faite, Philippe l'a fini cette semaine, Julien l’intègre la semaine prochaine. Il manquera reste le recalcul automatique des sequences (i.e. le retrait de '-' inutile) et positions des modifications sur les sous sélections de séquences considérées dans l'alignement.

Julien a fait la documentation et l'aide utilisateur de développeur

Décisions

Les données des archeas et des algues ont été remplacées par celle de la tomates (cf livrable2-data)

Il manque la connection API qui que Julien va intégrer depuis son départ. Nous ferons un point d'ici le 28 février 2025

Modification de ressources au 28 février 2025.

Julien termine son contrat, Philippe se chargera des éléments de la partie de Julien à partir du 1er mars