From 0e8f097e19e8d90a95ce6db16792a233563dff63 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Mon, 22 Apr 2024 18:52:31 +0200
Subject: [PATCH 01/21] Ajout des fichiers de la session 4

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 31 files changed, 10 insertions(+), 3 deletions(-)
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--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/00_00_introduction.md
@@ -0,0 +1,6 @@
+# Session 4 : Git et GitLab avancÃ©s
+### et bonnes pratiques
+
+* FonctionnalitÃ©s avancÃ©es
+* Bonnes pratiques de dÃ©veloppement
+* Ouverture du code
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index 0000000..e69de29
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index 0000000..e69de29
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.md b/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.md
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index 0000000..e69de29
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index d18270a..8f54585 100644
--- a/public/index.html
+++ b/public/index.html
@@ -45,9 +45,10 @@ table img {
 <img src="images/logo_gitlab.png" alt="logo GitLab" />
 
 <div class="flex-container">
-  <div><a href="01_initiation/index.html">Session 1 : initiation Git</a></div>
-  <div><a href="02_gitlab_depot_distant/index.html">Session 2 : GitLab et dÃ©pÃ´t distant</a></div>
-  <div><a href="03_branches/index.html">Session 3 : les branches</a></div>
+  <div><a href="01_initiation/">Session 1 : initiation Git</a></div>
+  <div><a href="02_gitlab_depot_distant/">Session 2 : GitLab et dÃ©pÃ´t distant</a></div>
+  <div><a href="03_branches/">Session 3 : les branches</a></div>
+  <div><a href="04_avance_bonnes_pratiques/">Session 4 : GitLab et Git avancÃ©s et bonnes pratiques</a></div>
 </div>
 
 <div>
-- 
GitLab


From d98044d607d0de655e2fa5d58af60453aa455273 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Wed, 24 Apr 2024 16:34:18 +0200
Subject: [PATCH 02/21] Ajout des titres aux fichiers de la session 4

---
 04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.md    |   4 +
 04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md      | 134 ++++++++++++++++++
 04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.md   |   3 +
 .../01_03_issue_template.md                   |   3 +
 04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.md    |   3 +
 .../01_05_planification.md                    |   3 +
 04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.md     |   3 +
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 04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.md    |   3 +
 .../01_10_mattermost.md                       |   3 +
 04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.md       |   3 +
 04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.md      |   5 +
 04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.md     |  40 ++++++
 .../02_03_cherry-pick.md                      |   7 +
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 .../03_00_bonnes_pratiques.md                 |   3 +
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 04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.md |   3 +
 .../03_03_structuration.md                    |   9 ++
 04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.md      |  11 ++
 .../03_05_environnement_virtuel.md            |   3 +
 .../03_06_dependances.md                      |   3 +
 .../03_07_documentation.md                    |  19 +++
 04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.md |   3 +
 .../04_01_publication.md                      |   3 +
 .../04_02_choix_licence_gitlab.md             |   3 +
 .../04_03_software_heritage.md                |   3 +
 04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.md     |   3 +
 .../{02_05_bissect.md => images/.keep}        |   0
 Makefile                                      |   2 +-
 31 files changed, 313 insertions(+), 1 deletion(-)
 create mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.md
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{02_05_bissect.md => images/.keep} (100%)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.md
index e69de29..17cd7fc 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.md
@@ -0,0 +1,4 @@
+---slide---
+
+# GitLab
+## Autres fonctionnalitÃ©s
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md
index e69de29..600da3a 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md
@@ -0,0 +1,134 @@
+---slide---
+
+# Syntaxe Mardown dans GitLab
+
+## Mardown ?
+
+Format texte pour Ã©crire des documents structurÃ©s, mise en forme de caractÃ¨res, liens, images, citations, listes...
+
+Utilisation pour : livres, articles, prÃ©sentations (ce support de formation !), lettres, prises de notes.
+
+---vertical---
+
+## dans GitLab
+
+Version enrichie de la syntaxe d'origine : *GitLab Flavored Markdown* :
+
+- spÃ©cification officielle de Markdown ([CommonMark](https://spec.commonmark.org/current/))
+- extensions de GitHub ([GFM](https://github.github.com/gfm/))
+- extensions spÃ©cifiques Ã  GitLab
+
+---vertical---
+
+Utilisable dans tous les textes saisies dans GitLab :
+
+- tickets
+- demandes de fusion
+- commentaires, revues de code
+- jalons
+- wiki
+- fichiers du dÃ©pÃ´t (extension `.md`)
+
+---vertical---
+
+## Mardown de base
+
+---vertical---
+
+Titre :
+
+```markdown
+# Titre de chapitre
+
+## Titre de sous-chapitre
+```
+
+---vertical---
+
+Paragraphes
+
+Pour crÃ©er un nouveau paragraphe, il faut simplement laisser une ligne vide entre deux portions de texte :
+
+```markdown
+Premier paragraphe.
+
+Second paragraphe.
+```
+
+---vertical---
+
+Liens
+
+```markdown
+[ForgeMIA](https://forgemia.inra.fr/)
+```
+
+---vertical---
+
+Style de texte
+
+```markdown
+_italique_
+**gras**
+**_gras/italique_**
+~~barrÃ©~~
+```
+
+---vertical---
+
+Citation
+
+```markdown
+> Ceci est une citation.
+```
+
+---vertical---
+
+Liste non ordonnÃ©e
+
+```markdown
+* Un Ã©lÃ©ment
+* Un autre Ã©lÃ©ment
+  * Un Ã©lÃ©ment enfant
+  * Un deuxiÃ¨me Ã©lÃ©ment enfant
+* Encore un
+```
+
+---vertical---
+
+Liste ordonnÃ©e
+
+```markdown
+1. Un Ã©lÃ©ment
+2. Un autre Ã©lÃ©ment
+  1. Un Ã©lÃ©ment enfant
+  2. Un deuxiÃ¨me Ã©lÃ©ment enfant
+3. Encore un
+```
+
+---vertical---
+
+Image
+
+```markdown
+![](https://www.inrae.fr/themes/custom/inrae_socle/logo.svg)
+```
+
+---vertical---
+
+## Extension 
+
+[Liste complÃ¨te](https://docs.gitlab.com/ee/user/markdown.html)
+
+- couleur du texte
+- texte barrÃ©
+- emoji
+- listes Ã  cocher
+- diagrammes et flux
+- Ã©quations mathÃ©matiques
+- tableaux, tableaux triables et filtrables
+- notes de bas de page
+- bloc de mÃ©tadonnÃ©es (Jekill, Hugo, RMarkdown...)
+- sommaire
+- rÃ©fÃ©rences GitLab
+- diffÃ©rences de texte
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.md
index e69de29..413a33c 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Release
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.md
index e69de29..95aabd8 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# ModÃ¨les de ticket
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.md
index e69de29..763dd12 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Organisation en groupe et sous-groupe
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md
index e69de29..db5194f 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Gestion des tickets
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.md
index e69de29..296e1a8 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Ã‰tiquetter un projet
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.md
index e69de29..3bff4bb 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.md
@@ -0,0 +1,19 @@
+---slide---
+
+# *Pipeline*
+
+Successions d'Ã©tapes dans l'intÃ©gration continue ou dans le dÃ©ploiement continu.
+
+---vertical---
+
+## IntÃ©gration continue
+
+Ensemble de pratiques utilisÃ©es en gÃ©nie logiciel consistant Ã  vÃ©rifier Ã  chaque modification de code source que le rÃ©sultat des modifications ne produit pas de rÃ©gression dans l'application dÃ©veloppÃ©e.
+
+Le principal but de cette pratique est de dÃ©tecter les problÃ¨mes d'intÃ©gration au plus tÃ´t lors du dÃ©veloppement. De plus, elle permet d'automatiser l'exÃ©cution des suites de tests et de voir l'Ã©volution du dÃ©veloppement du logiciel. 
+
+---vertical---
+
+## Livraison continue
+
+DÃ©ploiement Ã  chaque modification de code source du rÃ©sultat de la construction du projet (publication du logiciel empaquetÃ©, mise en ligne d'un site web...).
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.md
index e69de29..fea5f1d 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Cas d'utilisation des *runners* maison
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.md
index e69de29..f68d7e9 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# IntÃ©gratiion Ã  Mattermost
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.md b/04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.md
index e69de29..d01b5c8 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Git : fonctionnalitÃ©s particuliÃ¨res et astuces
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.md b/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.md
index e69de29..5f243f5 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.md
@@ -0,0 +1,5 @@
+---slide---
+
+# Crochets Git
+
+Note: https://git-scm.com/book/fr/v2/Personnalisation-de-Git-Crochets-Git
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.md b/04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.md
index e69de29..616f0d4 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.md
@@ -0,0 +1,40 @@
+---slide---
+
+# Alias de commande
+
+Objet : rendre l'utilisation de Git plus simple, facile ou familier.
+
+---vertical---
+
+**Exemple :** pour dÃ©sindexer un fichier, on utilise la commande
+
+```
+git reset HEAD mon_fichier.txt
+```.
+
+Configurer un alias avec
+
+```
+git config --global alias.unstage 'reset HEAD --'
+```
+
+permet d'utiliser la commande `git unstage mon_fichier.txt`.
+
+---vertical---
+
+**Exemple :** mettre en forme l'affichage de l'historique :
+
+```
+git config --global alias.lg "log --color --graph --pretty=format:'%Cred%h%Creset -%C(yellow)%d%Creset %s %Cgreen(%cr) %C(bold blue)<%an>%Creset' --abbrev-commit"
+```
+
+`git lg` affiche alors :
+
+```
+* 3595b95 - Suppression de la diapo de titre sur la gestion des branches en local. (il y a 7 mois) <Jean-Baptiste Louvet>
+* b680a92 - Suppression de la partie pointeurs et HEAD. (il y a 7 mois) <Jean-Baptiste Louvet>
+* 5d23760 - Ajout de titres et clarification dans les principes. (il y a 7 mois) <Jean-Baptiste Louvet>
+* e50c200 - AmÃ©lioration de la formulation des mauvais cas dâ€™utilisation (il y a 7 mois) <Jean-Baptiste Louvet>
+```
+
+Note: https://git-scm.com/book/fr/v2/Les-bases-de-Git-Les-alias-Git
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.md b/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.md
index e69de29..0a953ac 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.md
@@ -0,0 +1,7 @@
+---slide---
+
+# `git cherry-pick`
+
+Appliquer les modifications introduites par certains commits existants sur la branche.
+
+Note: https://git-scm.com/docs/git-cherry-pick/fr
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.md b/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.md
index e69de29..c3480a0 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.md
@@ -0,0 +1,5 @@
+---slide---
+
+# `git rebase --interactive`
+
+Note: https://git-scm.com/docs/git-rebase https://git-scm.com/book/fr/v2/Les-branches-avec-Git-Rebaser-Rebasing
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.md b/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.md
new file mode 100644
index 0000000..164ce10
--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.md
@@ -0,0 +1,5 @@
+---slide---
+
+# `git bisect`
+
+Note: https://git-scm.com/docs/git-bisect/fr
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.md
index e69de29..21f5322 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Bonnes pratiques
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.md
index e69de29..51e1b99 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Pourquoi suivre les bonnes pratiques ?
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.md
index e69de29..34102e0 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# PrÃ©sentation d'un processus de dÃ©veloppement
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.md
index e69de29..640247e 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.md
@@ -0,0 +1,9 @@
+---slide---
+
+# Structurer son code
+
+---vertical---
+
+## Utiliser des analyseurs de code
+
+*linter*
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.md
index e69de29..8fcc6dc 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.md
@@ -0,0 +1,11 @@
+---slide---
+
+# Tester son code
+
+---vertical---
+
+## Pourquoi tester
+
+---vertical---
+
+## Les diffÃ©rents types de tests
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.md
index e69de29..102721e 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Utiliser des environnements virtuels
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.md
index e69de29..6e54939 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# GÃ©rer ses dÃ©pendances dans Git
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.md
index e69de29..becbda9 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.md
@@ -0,0 +1,19 @@
+---slide---
+
+# Documenter son code
+
+---vertical---
+
+## Documenter les fonctions, modules...
+
+---vertical---
+
+## Documnenter son projet
+
+---vertical---
+
+### Fichier README et autres fichiers recommandÃ©s
+
+Point d'entrÃ©e par convention pour se renseigner sur un projet.
+
+AUTHORS, CONTRIBUTING, LICENCEâ€¦
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.md b/04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.md
index e69de29..5228de1 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Licence et ouverture du code
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.md b/04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.md
index e69de29..af5f17f 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Publier son code
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.md b/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.md
index e69de29..bacd60a 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Utiliser GitLab pour choisir une licence
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.md b/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.md
index e69de29..fb40889 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Software Heritage
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.md b/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.md
index e69de29..60c7b07 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+---slide---
+
+# Module de formation Oscar
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bissect.md b/04_avance_bonnes_pratiques/images/.keep
similarity index 100%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bissect.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/images/.keep
diff --git a/Makefile b/Makefile
index 8deec96..71b4708 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,7 +1,7 @@
 SHELL := /usr/bin/env bash
 
 BUILD_DIR := public
-SESSIONS := 01_initiation 02_gitlab_depot_distant 03_branches
+SESSIONS := 01_initiation 02_gitlab_depot_distant 03_branches 04_avance_bonnes_pratiques
 SESSION_DIRS := $(SESSIONS:%=$(BUILD_DIR)/%)
 INDEXES := $(SESSIONS:%=$(BUILD_DIR)/%/index.html)
 
-- 
GitLab


From a824b59adc41d7ab8ea427ad3c2634af0f260338 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Fri, 26 Apr 2024 16:56:39 +0200
Subject: [PATCH 03/21] Quelques diapos en plus pour la session 4

---
 04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md      | 22 ++---
 .../01_05_planification.md                    | 88 +++++++++++++++++++
 Makefile                                      | 11 +++
 public/index.html                             |  3 +-
 4 files changed, 113 insertions(+), 11 deletions(-)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md
index 600da3a..ce1e00e 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md
@@ -2,6 +2,8 @@
 
 # Syntaxe Mardown dans GitLab
 
+---vertical---
+
 ## Mardown ?
 
 Format texte pour Ã©crire des documents structurÃ©s, mise en forme de caractÃ¨res, liens, images, citations, listes...
@@ -10,7 +12,7 @@ Utilisation pour : livres, articles, prÃ©sentations (ce support de formation !),
 
 ---vertical---
 
-## dans GitLab
+## Markdown dans GitLab
 
 Version enrichie de la syntaxe d'origine : *GitLab Flavored Markdown* :
 
@@ -20,7 +22,7 @@ Version enrichie de la syntaxe d'origine : *GitLab Flavored Markdown* :
 
 ---vertical---
 
-Utilisable dans tous les textes saisies dans GitLab :
+## Utilisable dans...
 
 - tickets
 - demandes de fusion
@@ -35,7 +37,7 @@ Utilisable dans tous les textes saisies dans GitLab :
 
 ---vertical---
 
-Titre :
+### Titre
 
 ```markdown
 # Titre de chapitre
@@ -45,7 +47,7 @@ Titre :
 
 ---vertical---
 
-Paragraphes
+### Paragraphes
 
 Pour crÃ©er un nouveau paragraphe, il faut simplement laisser une ligne vide entre deux portions de texte :
 
@@ -57,7 +59,7 @@ Second paragraphe.
 
 ---vertical---
 
-Liens
+### Liens
 
 ```markdown
 [ForgeMIA](https://forgemia.inra.fr/)
@@ -65,7 +67,7 @@ Liens
 
 ---vertical---
 
-Style de texte
+### Styles de texte
 
 ```markdown
 _italique_
@@ -76,7 +78,7 @@ _italique_
 
 ---vertical---
 
-Citation
+### Citation
 
 ```markdown
 > Ceci est une citation.
@@ -84,7 +86,7 @@ Citation
 
 ---vertical---
 
-Liste non ordonnÃ©e
+### Liste non ordonnÃ©e
 
 ```markdown
 * Un Ã©lÃ©ment
@@ -96,7 +98,7 @@ Liste non ordonnÃ©e
 
 ---vertical---
 
-Liste ordonnÃ©e
+### Liste ordonnÃ©e
 
 ```markdown
 1. Un Ã©lÃ©ment
@@ -108,7 +110,7 @@ Liste ordonnÃ©e
 
 ---vertical---
 
-Image
+### Image
 
 ```markdown
 ![](https://www.inrae.fr/themes/custom/inrae_socle/logo.svg)
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md
index db5194f..a8be854 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md
@@ -1,3 +1,91 @@
 ---slide---
 
 # Gestion des tickets
+## Liste des tickets
+## Jalons
+## Tableau de tickets
+
+---vertical---
+
+## Liste des tickets
+
+Dans un projet ou un groupe de projets.
+
+*Plan* > *Issues*
+
+---vertical---
+
+## Jalons
+
+Dans un projet ou un groupe de projets.
+
+*Plan* > *Milestones*
+
+
+---vertical---
+
+Dans un projet ou un groupe de projets.
+
+## Tableau de tickets
+
+Dans un projet ou un groupe de projets.
+
+*Plan* > *Issue boards*
+
+2 listes verticales par dÃ©faut : *Open*, *Closed*
+
+---vertical---
+
+### Modifier le tableau
+
+Dans un projet ou un groupe de projets.
+
+- Masquer les listes *Open*, *Closed*
+- Ajouter des listes pour les tickets ayant des *labels*.
+
+On peut rÃ©ordonner ou rÃ©duire les listes.
+
+On peut crÃ©er un ticket directement dans une liste.
+
+---vertical---
+
+### CrÃ©er un nouveau tableau
+
+Uniquement dans un projet.
+
+PossibilitÃ© crÃ©er d'autres tableaux.
+
+---vertical---
+
+### Filtrer un tableau
+
+Pour limiter Ã  un ou plusieurs :
+- responsable de ticket
+- *label*
+- auteur du ticket
+- *milestone*
+- *release*
+- type (Incident, Ticket)
+
+---vertical---
+
+### Exemples de tableaux
+
+- *Open*, label *En cours*, label *RejetÃ©*, *Closed*
+
+---vertical---
+
+### Application pour un jalon
+
+- crÃ©er 2 *labels* : En cours, RejetÃ©
+- ajouter un filtre sur `Milestone = %v1.0.0`
+
+---vertical---
+
+### Application pour carnet de produit Scrum
+
+- crÃ©er 4 *labels* : Bac Ã  sable, Bac Ã  glace, Bac de culture, Bac de dÃ©part
+- crÃ©er un tableau en n'affichant pas les tickets fermÃ©s, avec 4 listes pour les 4 *labels*
+- ajouter un filtre sur `Milestone = None`
+
+=> Permet de glisser-dÃ©poser les tickets dans les bacs (plus rapide que de modifier les tickets)
diff --git a/Makefile b/Makefile
index 71b4708..79448a7 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -18,3 +18,14 @@ run: build
 	(sleep 1 ; python3 -mwebbrowser http://0.0.0.0:8000/) &
 	(cd public/ ; python3 -m http.server)
 
+public/01_initiation/index.html::
+	sed -i -e "s/SLIDESHOW_TITLE/Session 1 : initiation Git/g" $@
+
+public/02_gitlab_depot_distant/index.html::
+	sed -i -e "s/SLIDESHOW_TITLE/Session 2 : Gitlab et dÃ©pÃ´t distant/g" $@
+
+public/03_branches/index.html::
+	sed -i -e "s/SLIDESHOW_TITLE/Session 3 : les branches/g" $@
+
+public/04_avance_bonnes_pratiques/index.html::
+	sed -i -e "s/SLIDESHOW_TITLE/Session 4 : GitLab et Git avancÃ©s et bonnes pratiques/g" $@
diff --git a/public/index.html b/public/index.html
index 8f54585..d12a38b 100644
--- a/public/index.html
+++ b/public/index.html
@@ -1,7 +1,8 @@
 <!DOCTYPE html>
-<html>
+<html lang="fr">
 <head>
 <meta charset="utf-8">
+<title>Formation Git & Gitlab</title>
 <style>
 .flex-container {
   display: flex;
-- 
GitLab


From b5ca330a00d34153ed252ce5ac348d7019d13d7a Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Wed, 22 May 2024 09:30:31 +0200
Subject: [PATCH 04/21] =?UTF-8?q?Pr=C3=A9cisions=20sur=20la=20gestion=20de?=
 =?UTF-8?q?s=20tickets=20pour=20la=20session=204?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

---
 .../01_05_planification.md                    | 25 +++++++++++++++----
 1 file changed, 20 insertions(+), 5 deletions(-)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md
index a8be854..2fe6f3f 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md
@@ -1,9 +1,11 @@
 ---slide---
 
 # Gestion des tickets
-## Liste des tickets
-## Jalons
-## Tableau de tickets
+## Dans un projet ou un groupe
+### Liste des tickets
+### Jalons
+### Tableau de tickets
+## Ses tickets
 
 ---vertical---
 
@@ -13,6 +15,8 @@ Dans un projet ou un groupe de projets.
 
 *Plan* > *Issues*
 
+Et le raccourci pour ses propres tickets.
+
 ---vertical---
 
 ## Jalons
@@ -24,8 +28,6 @@ Dans un projet ou un groupe de projets.
 
 ---vertical---
 
-Dans un projet ou un groupe de projets.
-
 ## Tableau de tickets
 
 Dans un projet ou un groupe de projets.
@@ -89,3 +91,16 @@ Pour limiter Ã  un ou plusieurs :
 - ajouter un filtre sur `Milestone = None`
 
 => Permet de glisser-dÃ©poser les tickets dans les bacs (plus rapide que de modifier les tickets)
+
+---vertical---
+
+## Ses tickets
+
+Raccourci vers le tableau des tickets avec tous les tickets auxquels on est affectÃ©s : pour avoir l'ensemble des tÃ¢ches Ã  accomplir.
+
+Tri par :
+- date de derniÃ¨re mise Ã  jour
+- prioritÃ©
+- ...
+
+=> La forge devient le lieu unique de sa gestion des tÃ¢ches.
-- 
GitLab


From 4c6afee27bdb8cd110378451a3f47a2fea37a8aa Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Wed, 22 May 2024 15:55:02 +0200
Subject: [PATCH 05/21] Passage sous Quarto

---
 04_avance_bonnes_pratiques/.gitignore         |  1 +
 ...introduction.md => 00_00_introduction.qmd} |  3 --
 04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.md    |  4 --
 04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.qmd   |  1 +
 .../{01_01_gflm.md => 01_01_gflm.qmd}         | 32 +++++---------
 04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.md   |  3 --
 04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.qmd  |  1 +
 ...e_template.md => 01_03_issue_template.qmd} |  2 -
 .../{01_04_groupe.md => 01_04_groupe.qmd}     |  2 -
 ...anification.md => 01_05_planification.qmd} | 34 ++++++--------
 .../{01_06_topic.md => 01_06_topic.qmd}       |  2 -
 .../{01_07_pipeline.md => 01_07_pipeline.qmd} |  6 ---
 .../{01_08_runner.md => 01_08_runner.qmd}     |  2 -
 ..._10_mattermost.md => 01_10_mattermost.qmd} |  2 -
 .../{02_00_git.md => 02_00_git.qmd}           |  2 -
 04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.md      |  5 ---
 04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.qmd     |  5 +++
 .../{02_02_alias.md => 02_02_alias.qmd}       | 18 +++++---
 ...3_cherry-pick.md => 02_03_cherry-pick.qmd} |  6 +--
 04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.md  |  5 ---
 04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd |  5 +++
 04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.md    |  5 ---
 04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.qmd   |  5 +++
 ...ratiques.md => 03_00_bonnes_pratiques.qmd} |  2 -
 .../{03_01_pourquoi.md => 03_01_pourquoi.qmd} |  2 -
 ...03_02_processus.md => 03_02_processus.qmd} |  2 -
 ...ructuration.md => 03_03_structuration.qmd} |  4 --
 .../{03_04_test.md => 03_04_test.qmd}         |  6 ---
 ...uel.md => 03_05_environnement_virtuel.qmd} |  2 -
 .../03_06_dependances.md                      |  3 --
 .../03_06_dependances.qmd                     |  1 +
 ...cumentation.md => 03_07_documentation.qmd} |  8 +---
 ...04_00_ouverture.md => 04_00_ouverture.qmd} |  2 -
 ...1_publication.md => 04_01_publication.qmd} |  2 -
 ...tlab.md => 04_02_choix_licence_gitlab.qmd} |  2 -
 ...eritage.md => 04_03_software_heritage.qmd} |  2 -
 04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.md     |  3 --
 04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd    |  9 ++++
 04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd          | 44 +++++++++++++++++++
 39 files changed, 110 insertions(+), 135 deletions(-)
 create mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/.gitignore
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{00_00_introduction.md => 00_00_introduction.qmd} (58%)
 delete mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.md
 create mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.qmd
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{01_01_gflm.md => 01_01_gflm.qmd} (88%)
 delete mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.md
 create mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.qmd
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{01_03_issue_template.md => 01_03_issue_template.qmd} (61%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{01_04_groupe.md => 01_04_groupe.qmd} (75%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{01_05_planification.md => 01_05_planification.qmd} (86%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{01_06_topic.md => 01_06_topic.qmd} (64%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{01_07_pipeline.md => 01_07_pipeline.qmd} (94%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{01_08_runner.md => 01_08_runner.qmd} (75%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{01_10_mattermost.md => 01_10_mattermost.qmd} (69%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{02_00_git.md => 02_00_git.qmd} (79%)
 delete mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.md
 create mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.qmd
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{02_02_alias.md => 02_02_alias.qmd} (84%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{02_03_cherry-pick.md => 02_03_cherry-pick.qmd} (63%)
 delete mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.md
 create mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd
 delete mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.md
 create mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.qmd
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{03_00_bonnes_pratiques.md => 03_00_bonnes_pratiques.qmd} (59%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{03_01_pourquoi.md => 03_01_pourquoi.qmd} (75%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{03_02_processus.md => 03_02_processus.qmd} (79%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{03_03_structuration.md => 03_03_structuration.qmd} (70%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{03_04_test.md => 03_04_test.qmd} (61%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{03_05_environnement_virtuel.md => 03_05_environnement_virtuel.qmd} (75%)
 delete mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.md
 create mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.qmd
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{03_07_documentation.md => 03_07_documentation.qmd} (80%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{04_00_ouverture.md => 04_00_ouverture.qmd} (70%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{04_01_publication.md => 04_01_publication.qmd} (59%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{04_02_choix_licence_gitlab.md => 04_02_choix_licence_gitlab.qmd} (76%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{04_03_software_heritage.md => 04_03_software_heritage.qmd} (60%)
 delete mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.md
 create mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd
 create mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/.gitignore b/04_avance_bonnes_pratiques/.gitignore
new file mode 100644
index 0000000..2d19fc7
--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/.gitignore
@@ -0,0 +1 @@
+*.html
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/00_00_introduction.md b/04_avance_bonnes_pratiques/00_00_introduction.qmd
similarity index 58%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/00_00_introduction.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/00_00_introduction.qmd
index dfc8409..fa9b535 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/00_00_introduction.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/00_00_introduction.qmd
@@ -1,6 +1,3 @@
-# Session 4 : Git et GitLab avancÃ©s
-### et bonnes pratiques
-
 * FonctionnalitÃ©s avancÃ©es
 * Bonnes pratiques de dÃ©veloppement
 * Ouverture du code
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.md
deleted file mode 100644
index 17cd7fc..0000000
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.md
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
----slide---
-
-# GitLab
-## Autres fonctionnalitÃ©s
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.qmd
new file mode 100644
index 0000000..8f6e687
--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.qmd
@@ -0,0 +1 @@
+# GitLab âˆ’ autres fonctionnalitÃ©s
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd
similarity index 88%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd
index ce1e00e..4296025 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd
@@ -1,17 +1,11 @@
----slide---
-
 # Syntaxe Mardown dans GitLab
 
----vertical---
-
 ## Mardown ?
 
 Format texte pour Ã©crire des documents structurÃ©s, mise en forme de caractÃ¨res, liens, images, citations, listes...
 
 Utilisation pour : livres, articles, prÃ©sentations (ce support de formation !), lettres, prises de notes.
 
----vertical---
-
 ## Markdown dans GitLab
 
 Version enrichie de la syntaxe d'origine : *GitLab Flavored Markdown* :
@@ -20,8 +14,6 @@ Version enrichie de la syntaxe d'origine : *GitLab Flavored Markdown* :
 - extensions de GitHub ([GFM](https://github.github.com/gfm/))
 - extensions spÃ©cifiques Ã  GitLab
 
----vertical---
-
 ## Utilisable dans...
 
 - tickets
@@ -31,11 +23,9 @@ Version enrichie de la syntaxe d'origine : *GitLab Flavored Markdown* :
 - wiki
 - fichiers du dÃ©pÃ´t (extension `.md`)
 
----vertical---
-
-## Mardown de base
+## Markdown de base
 
----vertical---
+---
 
 ### Titre
 
@@ -45,7 +35,7 @@ Version enrichie de la syntaxe d'origine : *GitLab Flavored Markdown* :
 ## Titre de sous-chapitre
 ```
 
----vertical---
+---
 
 ### Paragraphes
 
@@ -57,7 +47,7 @@ Premier paragraphe.
 Second paragraphe.
 ```
 
----vertical---
+---
 
 ### Liens
 
@@ -65,7 +55,7 @@ Second paragraphe.
 [ForgeMIA](https://forgemia.inra.fr/)
 ```
 
----vertical---
+---
 
 ### Styles de texte
 
@@ -76,7 +66,7 @@ _italique_
 ~~barrÃ©~~
 ```
 
----vertical---
+---
 
 ### Citation
 
@@ -84,7 +74,7 @@ _italique_
 > Ceci est une citation.
 ```
 
----vertical---
+---
 
 ### Liste non ordonnÃ©e
 
@@ -96,7 +86,7 @@ _italique_
 * Encore un
 ```
 
----vertical---
+---
 
 ### Liste ordonnÃ©e
 
@@ -108,7 +98,7 @@ _italique_
 3. Encore un
 ```
 
----vertical---
+---
 
 ### Image
 
@@ -116,9 +106,7 @@ _italique_
 ![](https://www.inrae.fr/themes/custom/inrae_socle/logo.svg)
 ```
 
----vertical---
-
-## Extension 
+## Extension{.smaller}
 
 [Liste complÃ¨te](https://docs.gitlab.com/ee/user/markdown.html)
 
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.md
deleted file mode 100644
index 413a33c..0000000
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.md
+++ /dev/null
@@ -1,3 +0,0 @@
----slide---
-
-# Release
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.qmd
new file mode 100644
index 0000000..aa054b5
--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.qmd
@@ -0,0 +1 @@
+# Release
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.qmd
similarity index 61%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.qmd
index 95aabd8..a558ee1 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # ModÃ¨les de ticket
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.qmd
similarity index 75%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.qmd
index 763dd12..0593f89 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # Organisation en groupe et sous-groupe
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.qmd
similarity index 86%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.qmd
index 2fe6f3f..f868781 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.qmd
@@ -1,13 +1,10 @@
----slide---
-
 # Gestion des tickets
-## Dans un projet ou un groupe
-### Liste des tickets
-### Jalons
-### Tableau de tickets
-## Ses tickets
 
----vertical---
+- Dans un projet ou un groupe
+  - Liste des tickets
+  - Jalons
+  - Tableau de tickets
+- Ses tickets
 
 ## Liste des tickets
 
@@ -17,17 +14,12 @@ Dans un projet ou un groupe de projets.
 
 Et le raccourci pour ses propres tickets.
 
----vertical---
-
 ## Jalons
 
 Dans un projet ou un groupe de projets.
 
 *Plan* > *Milestones*
 
-
----vertical---
-
 ## Tableau de tickets
 
 Dans un projet ou un groupe de projets.
@@ -36,7 +28,7 @@ Dans un projet ou un groupe de projets.
 
 2 listes verticales par dÃ©faut : *Open*, *Closed*
 
----vertical---
+---
 
 ### Modifier le tableau
 
@@ -49,7 +41,7 @@ On peut rÃ©ordonner ou rÃ©duire les listes.
 
 On peut crÃ©er un ticket directement dans une liste.
 
----vertical---
+---
 
 ### CrÃ©er un nouveau tableau
 
@@ -57,11 +49,12 @@ Uniquement dans un projet.
 
 PossibilitÃ© crÃ©er d'autres tableaux.
 
----vertical---
+---
 
 ### Filtrer un tableau
 
 Pour limiter Ã  un ou plusieurs :
+
 - responsable de ticket
 - *label*
 - auteur du ticket
@@ -69,20 +62,20 @@ Pour limiter Ã  un ou plusieurs :
 - *release*
 - type (Incident, Ticket)
 
----vertical---
+---
 
 ### Exemples de tableaux
 
 - *Open*, label *En cours*, label *RejetÃ©*, *Closed*
 
----vertical---
+---
 
 ### Application pour un jalon
 
 - crÃ©er 2 *labels* : En cours, RejetÃ©
 - ajouter un filtre sur `Milestone = %v1.0.0`
 
----vertical---
+---
 
 ### Application pour carnet de produit Scrum
 
@@ -92,13 +85,12 @@ Pour limiter Ã  un ou plusieurs :
 
 => Permet de glisser-dÃ©poser les tickets dans les bacs (plus rapide que de modifier les tickets)
 
----vertical---
-
 ## Ses tickets
 
 Raccourci vers le tableau des tickets avec tous les tickets auxquels on est affectÃ©s : pour avoir l'ensemble des tÃ¢ches Ã  accomplir.
 
 Tri par :
+
 - date de derniÃ¨re mise Ã  jour
 - prioritÃ©
 - ...
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd
similarity index 64%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd
index 296e1a8..d6899d9 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # Ã‰tiquetter un projet
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
similarity index 94%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
index 3bff4bb..c82968b 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
@@ -1,19 +1,13 @@
----slide---
-
 # *Pipeline*
 
 Successions d'Ã©tapes dans l'intÃ©gration continue ou dans le dÃ©ploiement continu.
 
----vertical---
-
 ## IntÃ©gration continue
 
 Ensemble de pratiques utilisÃ©es en gÃ©nie logiciel consistant Ã  vÃ©rifier Ã  chaque modification de code source que le rÃ©sultat des modifications ne produit pas de rÃ©gression dans l'application dÃ©veloppÃ©e.
 
 Le principal but de cette pratique est de dÃ©tecter les problÃ¨mes d'intÃ©gration au plus tÃ´t lors du dÃ©veloppement. De plus, elle permet d'automatiser l'exÃ©cution des suites de tests et de voir l'Ã©volution du dÃ©veloppement du logiciel. 
 
----vertical---
-
 ## Livraison continue
 
 DÃ©ploiement Ã  chaque modification de code source du rÃ©sultat de la construction du projet (publication du logiciel empaquetÃ©, mise en ligne d'un site web...).
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.qmd
similarity index 75%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.qmd
index fea5f1d..dc582f8 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # Cas d'utilisation des *runners* maison
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.md b/04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.qmd
similarity index 69%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.qmd
index f68d7e9..20d5d5c 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # IntÃ©gratiion Ã  Mattermost
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.md b/04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.qmd
similarity index 79%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.qmd
index d01b5c8..0a233ca 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # Git : fonctionnalitÃ©s particuliÃ¨res et astuces
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.md b/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.md
deleted file mode 100644
index 5f243f5..0000000
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.md
+++ /dev/null
@@ -1,5 +0,0 @@
----slide---
-
-# Crochets Git
-
-Note: https://git-scm.com/book/fr/v2/Personnalisation-de-Git-Crochets-Git
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.qmd
new file mode 100644
index 0000000..914b650
--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.qmd
@@ -0,0 +1,5 @@
+# Crochets Git
+
+::: {.notes}
+https://git-scm.com/book/fr/v2/Personnalisation-de-Git-Crochets-Git
+:::
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.md b/04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.qmd
similarity index 84%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.qmd
index 616f0d4..6fd55c7 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.qmd
@@ -1,16 +1,14 @@
----slide---
-
 # Alias de commande
 
 Objet : rendre l'utilisation de Git plus simple, facile ou familier.
 
----vertical---
+---
 
 **Exemple :** pour dÃ©sindexer un fichier, on utilise la commande
 
 ```
 git reset HEAD mon_fichier.txt
-```.
+```
 
 Configurer un alias avec
 
@@ -18,9 +16,13 @@ Configurer un alias avec
 git config --global alias.unstage 'reset HEAD --'
 ```
 
-permet d'utiliser la commande `git unstage mon_fichier.txt`.
+permet d'utiliser la commande
+
+```
+git unstage mon_fichier.txt
+```
 
----vertical---
+---
 
 **Exemple :** mettre en forme l'affichage de l'historique :
 
@@ -37,4 +39,6 @@ git config --global alias.lg "log --color --graph --pretty=format:'%Cred%h%Crese
 * e50c200 - AmÃ©lioration de la formulation des mauvais cas dâ€™utilisation (il y a 7 mois) <Jean-Baptiste Louvet>
 ```
 
-Note: https://git-scm.com/book/fr/v2/Les-bases-de-Git-Les-alias-Git
+::: {.notes}
+https://git-scm.com/book/fr/v2/Les-bases-de-Git-Les-alias-Git
+:::
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.md b/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.qmd
similarity index 63%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.qmd
index 0a953ac..478cafc 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.qmd
@@ -1,7 +1,7 @@
----slide---
-
 # `git cherry-pick`
 
 Appliquer les modifications introduites par certains commits existants sur la branche.
 
-Note: https://git-scm.com/docs/git-cherry-pick/fr
+::: {.notes}
+https://git-scm.com/docs/git-cherry-pick/fr
+:::
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.md b/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.md
deleted file mode 100644
index c3480a0..0000000
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.md
+++ /dev/null
@@ -1,5 +0,0 @@
----slide---
-
-# `git rebase --interactive`
-
-Note: https://git-scm.com/docs/git-rebase https://git-scm.com/book/fr/v2/Les-branches-avec-Git-Rebaser-Rebasing
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd
new file mode 100644
index 0000000..a9b7d6b
--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd
@@ -0,0 +1,5 @@
+# `git rebase --interactive`
+
+::: {.notes}
+https://git-scm.com/docs/git-rebase https://git-scm.com/book/fr/v2/Les-branches-avec-Git-Rebaser-Rebasing
+:::
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.md b/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.md
deleted file mode 100644
index 164ce10..0000000
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.md
+++ /dev/null
@@ -1,5 +0,0 @@
----slide---
-
-# `git bisect`
-
-Note: https://git-scm.com/docs/git-bisect/fr
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.qmd
new file mode 100644
index 0000000..078160e
--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.qmd
@@ -0,0 +1,5 @@
+# `git bisect`
+
+::: {.notes}
+https://git-scm.com/docs/git-bisect/fr
+:::
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.qmd
similarity index 59%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.qmd
index 21f5322..f45a7af 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # Bonnes pratiques
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd
similarity index 75%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd
index 51e1b99..71d53bd 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # Pourquoi suivre les bonnes pratiques ?
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.qmd
similarity index 79%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.qmd
index 34102e0..ccac20b 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # PrÃ©sentation d'un processus de dÃ©veloppement
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd
similarity index 70%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd
index 640247e..365dbd0 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd
@@ -1,9 +1,5 @@
----slide---
-
 # Structurer son code
 
----vertical---
-
 ## Utiliser des analyseurs de code
 
 *linter*
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd
similarity index 61%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd
index 8fcc6dc..8bb7b53 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd
@@ -1,11 +1,5 @@
----slide---
-
 # Tester son code
 
----vertical---
-
 ## Pourquoi tester
 
----vertical---
-
 ## Les diffÃ©rents types de tests
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.qmd
similarity index 75%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.qmd
index 102721e..3015dfe 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # Utiliser des environnements virtuels
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.md
deleted file mode 100644
index 6e54939..0000000
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.md
+++ /dev/null
@@ -1,3 +0,0 @@
----slide---
-
-# GÃ©rer ses dÃ©pendances dans Git
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.qmd
new file mode 100644
index 0000000..4ecadb6
--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.qmd
@@ -0,0 +1 @@
+# GÃ©rer ses dÃ©pendances dans son dÃ©pÃ´t Git
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.md b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
similarity index 80%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
index becbda9..dbd27e7 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
@@ -1,16 +1,10 @@
----slide---
-
 # Documenter son code
 
----vertical---
-
 ## Documenter les fonctions, modules...
 
----vertical---
-
 ## Documnenter son projet
 
----vertical---
+---
 
 ### Fichier README et autres fichiers recommandÃ©s
 
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.md b/04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.qmd
similarity index 70%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.qmd
index 5228de1..7701a8e 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # Licence et ouverture du code
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.md b/04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.qmd
similarity index 59%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.qmd
index af5f17f..ad7aa48 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # Publier son code
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.md b/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.qmd
similarity index 76%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.qmd
index bacd60a..aeb543d 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # Utiliser GitLab pour choisir une licence
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.md b/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.qmd
similarity index 60%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.md
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.qmd
index fb40889..8bc5a27 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.md
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.qmd
@@ -1,3 +1 @@
----slide---
-
 # Software Heritage
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.md b/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.md
deleted file mode 100644
index 60c7b07..0000000
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.md
+++ /dev/null
@@ -1,3 +0,0 @@
----slide---
-
-# Module de formation Oscar
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd
new file mode 100644
index 0000000..59e848d
--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd
@@ -0,0 +1,9 @@
+# Module de formation Oscar
+
+3 modules sont disponibles :
+
+- Les fondamentaux de la science ouverte,
+- Gestion et partage des donnÃ©es,
+- Publication ouverte.
+
+OSCAR est accessible [ici](https://elearning.formation-permanente.inrae.fr/course/view.php?id=668).
\ No newline at end of file
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
new file mode 100644
index 0000000..fc97715
--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
@@ -0,0 +1,44 @@
+---
+title: "Session 4 : GitLab et Git avancÃ©s et bonnes pratiques"
+format: 
+  revealjs:
+    footer: "Formation Git / Gitlab Session 4 : GitLab et Git avancÃ©s et bonnes pratiques"
+    slide-number: true
+    show-slide-number: all
+editor: visual
+---
+
+{{< include 00_00_introduction.qmd >}}
+
+{{< include 01_00_gitlab.qmd >}}
+{{< include 01_01_gflm.qmd >}}
+{{< include 01_02_release.qmd >}}
+{{< include 01_03_issue_template.qmd >}}
+{{< include 01_04_groupe.qmd >}}
+{{< include 01_05_planification.qmd >}}
+{{< include 01_06_topic.qmd >}}
+{{< include 01_07_pipeline.qmd >}}
+{{< include 01_08_runner.qmd >}}
+{{< include 01_10_mattermost.qmd >}}
+
+{{< include 02_00_git.qmd >}}
+{{< include 02_01_hook.qmd >}}
+{{< include 02_02_alias.qmd >}}
+{{< include 02_03_cherry-pick.qmd >}}
+{{< include 02_04_rebase-i.qmd >}}
+{{< include 02_05_bisect.qmd >}}
+
+{{< include 03_00_bonnes_pratiques.qmd >}}
+{{< include 03_01_pourquoi.qmd >}}
+{{< include 03_02_processus.qmd >}}
+{{< include 03_03_structuration.qmd >}}
+{{< include 03_04_test.qmd >}}
+{{< include 03_05_environnement_virtuel.qmd >}}
+{{< include 03_06_dependances.qmd >}}
+{{< include 03_07_documentation.qmd >}}
+
+{{< include 04_00_ouverture.qmd >}}
+{{< include 04_01_publication.qmd >}}
+{{< include 04_02_choix_licence_gitlab.qmd >}}
+{{< include 04_03_software_heritage.qmd >}}
+{{< include 04_04_oscar.qmd >}}
-- 
GitLab


From a248e822e1bc3702915f8b4913c91c1b5a4894c5 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Wed, 22 May 2024 16:14:54 +0200
Subject: [PATCH 06/21] Remarques de Philippe.

https://forgemia.inra.fr/git-gitlab-paca/support-de-formation/-/issues/32#note_228351
---
 04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd         |  2 ++
 04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd      | 14 +++++++++++++-
 .../04_02_choix_licence_gitlab.qmd                 |  6 ++++++
 04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd         |  4 +++-
 4 files changed, 24 insertions(+), 2 deletions(-)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd
index d6899d9..c1c7981 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd
@@ -1 +1,3 @@
 # Ã‰tiquetter un projet
+
+Objectif : favoriser la recherche dans les projets
\ No newline at end of file
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
index c82968b..57cf308 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
@@ -8,6 +8,18 @@ Ensemble de pratiques utilisÃ©es en gÃ©nie logiciel consistant Ã  vÃ©rifier Ã  c
 
 Le principal but de cette pratique est de dÃ©tecter les problÃ¨mes d'intÃ©gration au plus tÃ´t lors du dÃ©veloppement. De plus, elle permet d'automatiser l'exÃ©cution des suites de tests et de voir l'Ã©volution du dÃ©veloppement du logiciel. 
 
+---
+
+Exemples :
+
+- exÃ©cution automatique des tests
+- construction (compilation, empaquetage) de logiciels
+
 ## Livraison continue
 
-DÃ©ploiement Ã  chaque modification de code source du rÃ©sultat de la construction du projet (publication du logiciel empaquetÃ©, mise en ligne d'un site web...).
+DÃ©ploiement Ã  chaque modification de code source du rÃ©sultat de la construction du projet.
+
+Exemples :
+
+- publication du logiciel empaquetÃ©,
+- mise en ligne d'un site web...
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.qmd
index aeb543d..86e0fe4 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.qmd
@@ -1 +1,7 @@
 # Utiliser GitLab pour choisir une licence
+
+
+NB :
+
+- exigences Ã‰tat et INRAE en matiÃ¨re de licence
+- attention aux contributions des stagiaires
\ No newline at end of file
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd
index 59e848d..47cff31 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd
@@ -1,4 +1,6 @@
-# Module de formation Oscar
+# Ressources complÃ©mentaires
+
+## Module de formation Oscar
 
 3 modules sont disponibles :
 
-- 
GitLab


From 8013ae5745b8ab284bbe1c38259b3dc101ebf491 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <olivier.maury@inrae.fr>
Date: Mon, 22 Jul 2024 17:22:25 +0200
Subject: [PATCH 07/21] Update 03_03_structuration.qmd

---
 04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd | 7 ++++++-
 1 file changed, 6 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd
index 365dbd0..a5852ff 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd
@@ -2,4 +2,9 @@
 
 ## Utiliser des analyseurs de code
 
-*linter*
+*linter* : outil de contrÃ´le (et suggestions et corrections) pour la qualitÃ© de code
+
+- * : [SonarLint](https://www.sonarsource.com/products/sonarlint/)
+- Java : [checkstyle](https://checkstyle.org/), [PMD](https://pmd.github.io/),
+- Python : Flake8, isort, Black, [Ruff](https://astral.sh/ruff)
+- Rust : [clippy](https://doc.rust-lang.org/clippy/)
\ No newline at end of file
-- 
GitLab


From e988624a8fb437bc903df5ac7505e35d39d54ae9 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Mon, 5 Aug 2024 09:32:02 +0200
Subject: [PATCH 08/21] Diapo documentation

---
 .../03_07_documentation.qmd                   | 110 +++++++++++++++++-
 1 file changed, 104 insertions(+), 6 deletions(-)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
index dbd27e7..6cdd7a7 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
@@ -1,13 +1,111 @@
-# Documenter son code
+# Documenter
 
-## Documenter les fonctions, modules...
+La documentation fait partie du processus de dÃ©veloppement.
 
-## Documnenter son projet
+Une documentation utile est facilement maintenue par toute l'Ã©quipe.
+
+DiffÃ©rents types de documentation sont Ã  Ã©crire selon le projet :
+exigences du systÃ¨me, conception, vision, portÃ©e, cas d'utilisation, schÃ©mas, diagrammes de flux, documentation utilisateur, documentation du codeâ€¦
+
+Ã€ choisir selon les besoin.
+
+## Documenter le code
+
+### Pourquoi documenter son code ?
+
+* reproductibilitÃ©
+* principes FAIR (*findable*, *accessible*, *interopable*, *reusable*)
+* rendre rÃ©utilisable pour d'autres, notamment vous dans le futur !
+
+NB : plus de temps est passÃ© Ã  reprendre un code qu'Ã  l'Ã©crire.
+
+### Comment documenter ?
+
+RÃ¨gles documenter un logiciel scientifique, selon [Lee et al. 2018](https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006561) :
+
+* Ã©crire les commentaires en mÃªme temps que le code
+* ajouter un fichier README (voir plus loin)
+* utiliser un gestionnaire de version aussi pour la documentation
+* utiliser des outils automatiques de documentation (voir plus loin)
+* Ã©crire des messages d'erreur qui fournissent des solutions ou pointent vers la documentation
+
+### Que documenter ?
+
+Toujours documenter les blocs de code dÃ©licats, fonctions, classes, fichiers, modules, donnÃ©es d'entrÃ©e d'exempleâ€¦ selon les normes du langage :
+
+* Java : JavaDoc
+* R : roxygen2
+* paquet R : vignette en RMarkdown, site web (*GitLab Pages*)
+
+Utiliser des noms de variables et de fonction les plus explicites.
+S'il faut documenter les variables, c'est peut-Ãªtre qu'il faut les renommer. Exemples :
+
+* `plant_metadata` au lieu de `df`
+* `data_cleaned` au lieu de `df2`
+
+PrÃ©ciser le pÃ©rimÃ¨tre, les entrÃ©es, les sorties, les unitÃ©s.
+
+Exemple de documentation *roxygen2*
+
+```r
+#' Add together two numbers.
+#' 
+#' @param x A number.
+#' @param y A number.
+#' @return The sum of \code{x} and \code{y}.
+#' @examples
+#' add(1, 1)
+#' add(10, 1)
+add <- function(x, y) {
+   x + y
+}
+```
+
+- [Mastering Software Development in R âˆ’ Documentation](https://bookdown.org/rdpeng/RProgDA/documentation.html)
+
+## Documenter son projet
 
 ---
 
-### Fichier README et autres fichiers recommandÃ©s
+### DÃ©cisions techniques
+
+Arbitrages et raisons des choix techniques et architecturaux rÃ©alisÃ©s.
+
+Exemple de structuation : [MADR âˆ’ Markdown Architectural Decision Records](https://adr.github.io/madr/)
+
+### Fichier README
+
+Fichier texte `README` (format Markdown ou texte simple).
+Point d'entrÃ©e par convention pour se renseigner sur un projet et utiliser le projet.
+
+Exemple de structuration : titre, description, fonctionnalitÃ©s, dÃ©pendances techniques, installations, exemples d'utilisation.
+
+Outil en ligne pour la mise en forme : https://readmi.xyz/
+
+### Autres fichiers recommandÃ©s
+
+(extensions : aucune, `.txt` ou `.md`)
+
+- `AUTHORS` : liste des auteurs principaux et des contributeurs, les contributeurs peuvent Ãªtre sÃ©parÃ©s dans `CONTRIBUTORS`
+- `CONTRIBUTING` : guide pour contribuer au projet
+- `LICENCE` : fichier texte avec la licence choisie
+
+Mais aussi :
+
+- `CHANGELOG` : les changements apportÃ©s dans chaque version
+- `SUPPORT` : explications pour obtenir de l'aide sur le dÃ©pÃ´t de code
+- `SECURITY`, `CODE_OF_CONDUCT`, `ACKNOWLEDGMENTS`, `CODEOWNERS`, `FUNDING`
+
+### Fichiers pour le moissonnage des projets
+
+- [`CITATION.cff`](https://citation-file-format.github.io/) : texte de la citation pour le code,
+- [`codemeta.json`](https://codemeta.github.io/) : moissonnage par *Software Heritage*,
+- [`publiccode.yml`](https://docs.italia.it/italia/developers-italia/publiccodeyml-en/) : obligatoire pour les logiciels publics en Italie, utilisÃ© par [code.gouv.fr](https://github.com/codegouvfr/awesome-codegouvfr/blob/main/README.fr.md).
+
+Voir les consignes *Software Heritage* plus loin.
 
-Point d'entrÃ©e par convention pour se renseigner sur un projet.
+- Formulaire en ligne pour gÃ©nÃ©rer `codemeta.json` : https://codemeta.github.io/codemeta-generator/
+- Formulaire en ligne pour gÃ©nÃ©rer `publiccode.yml` : https://publiccode-editor.etalab.studio/
+- Outil pour gÃ©nÃ©rer `publiccode.yml` : https://github.com/codegouvfr/awesome-codegouvfr-tooling
+- S'appuyer sur le standard `publiccode.yml` : https://github.com/publiccodeyml/publiccode.yml
 
-AUTHORS, CONTRIBUTING, LICENCEâ€¦
-- 
GitLab


From 7df5e67eec6964b92fca5865878b0cc4f336968e Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Mon, 5 Aug 2024 17:21:59 +0200
Subject: [PATCH 09/21] Diapo documentation

---
 04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd | 14 ++++++++++----
 1 file changed, 10 insertions(+), 4 deletions(-)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
index 6cdd7a7..f4ceb41 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
@@ -1,13 +1,17 @@
 # Documenter
 
 La documentation fait partie du processus de dÃ©veloppement.
+Elle doit Ãªtre considÃ©rÃ©e comme le code et les tests et Ã©crite lorsque la connaissance est acquise.
 
 Une documentation utile est facilement maintenue par toute l'Ã©quipe.
+Une documentation Ã  jour est utilisable pour le dÃ©veloppement et l'utisation du code.
 
-DiffÃ©rents types de documentation sont Ã  Ã©crire selon le projet :
-exigences du systÃ¨me, conception, vision, portÃ©e, cas d'utilisation, schÃ©mas, diagrammes de flux, documentation utilisateur, documentation du codeâ€¦
+Plusieurs types de documentation
 
-Ã€ choisir selon les besoin.
+- dans le code (commentaires)
+- documentation gÃ©nÃ©rale, Ã  choisir selon les besoins du projet :
+  exigences du systÃ¨me, conception, vision, portÃ©e, cas d'utilisation, schÃ©mas, diagrammes de flux, documentation utilisateur, documentation du codeâ€¦
+- documentation du projet
 
 ## Documenter le code
 
@@ -23,12 +27,14 @@ NB : plus de temps est passÃ© Ã  reprendre un code qu'Ã  l'Ã©crire.
 
 RÃ¨gles documenter un logiciel scientifique, selon [Lee et al. 2018](https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006561) :
 
-* Ã©crire les commentaires en mÃªme temps que le code
+* Ã©crire et modifier les commentaires en mÃªme temps que le code
 * ajouter un fichier README (voir plus loin)
 * utiliser un gestionnaire de version aussi pour la documentation
 * utiliser des outils automatiques de documentation (voir plus loin)
 * Ã©crire des messages d'erreur qui fournissent des solutions ou pointent vers la documentation
 
+IntÃ©grer la gÃ©nÃ©ration de la documentation dans le processus d'intÃ©gration et de dÃ©ploiement continus (CI/CD).
+
 ### Que documenter ?
 
 Toujours documenter les blocs de code dÃ©licats, fonctions, classes, fichiers, modules, donnÃ©es d'entrÃ©e d'exempleâ€¦ selon les normes du langage :
-- 
GitLab


From b834dc0fb93b644a362f43b5bbe69daa108f90e5 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Mon, 5 Aug 2024 17:52:01 +0200
Subject: [PATCH 10/21] Ajouter deux liens dans les ressources

---
 04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd | 5 ++++-
 1 file changed, 4 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd
index 47cff31..7910017 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd
@@ -1,5 +1,8 @@
 # Ressources complÃ©mentaires
 
+- [Bonnes pratiques GitLab pour l'ESR](https://coso-college-codes-sources-et-logiciels.pages.in2p3.fr/handbook/)
+- [Documentation de la forge logicielle GitLab du CIRAD](https://gitlab.cirad.fr/cirad/documentation)
+
 ## Module de formation Oscar
 
 3 modules sont disponibles :
@@ -8,4 +11,4 @@
 - Gestion et partage des donnÃ©es,
 - Publication ouverte.
 
-OSCAR est accessible [ici](https://elearning.formation-permanente.inrae.fr/course/view.php?id=668).
\ No newline at end of file
+OSCAR est accessible [ici](https://elearning.formation-permanente.inrae.fr/course/view.php?id=668).
-- 
GitLab


From 9764e2db0580e8a4109c577c7642bc47e5aad6a6 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Tue, 6 Aug 2024 15:00:41 +0200
Subject: [PATCH 11/21] CI/CD

---
 04_avance_bonnes_pratiques/.gitignore |  2 ++
 Makefile                              | 11 +++++++----
 2 files changed, 9 insertions(+), 4 deletions(-)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/.gitignore b/04_avance_bonnes_pratiques/.gitignore
index 2d19fc7..5c86aa4 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/.gitignore
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/.gitignore
@@ -1 +1,3 @@
 *.html
+
+/.quarto/
diff --git a/Makefile b/Makefile
index 79448a7..1f8b748 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,7 +1,10 @@
 SHELL := /usr/bin/env bash
 
 BUILD_DIR := public
-SESSIONS := 01_initiation 02_gitlab_depot_distant 03_branches 04_avance_bonnes_pratiques
+SESSION4 := 04_avance_bonnes_pratiques
+SESSION4_DIR := $(BUILD_DIR)/$(SESSION4)
+SESSION4_INDEX := $(SESSION4_DIR)/index.html
+SESSIONS := 01_initiation 02_gitlab_depot_distant 03_branches
 SESSION_DIRS := $(SESSIONS:%=$(BUILD_DIR)/%)
 INDEXES := $(SESSIONS:%=$(BUILD_DIR)/%/index.html)
 
@@ -12,7 +15,7 @@ $(BUILD_DIR)/%/index.html:: %/index.qmd %/*.qmd
 	quarto render $< --output-dir $(BUILD_DIR)
 
 clean:
-	rm -fr $(SESSION_DIRS)
+	rm -fr $(SESSION_DIRS) $(SESSION4_DIR)
 
 run: build
 	(sleep 1 ; python3 -mwebbrowser http://0.0.0.0:8000/) &
@@ -27,5 +30,5 @@ public/02_gitlab_depot_distant/index.html::
 public/03_branches/index.html::
 	sed -i -e "s/SLIDESHOW_TITLE/Session 3 : les branches/g" $@
 
-public/04_avance_bonnes_pratiques/index.html::
-	sed -i -e "s/SLIDESHOW_TITLE/Session 4 : GitLab et Git avancÃ©s et bonnes pratiques/g" $@
+$(SESSION4_INDEX): $(SESSION4)/index.qmd
+	quarto render $< --output-dir $(SESSION4_DIR)
-- 
GitLab


From 6cf8a5800e882b26503d28946bd8f9a339a9edbb Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Mon, 2 Sep 2024 15:12:55 +0200
Subject: [PATCH 12/21] Typo

---
 04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd     |  6 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd | 11 +--
 .../02_03_cherry-pick.qmd                     |  2 +-
 .../03_07_documentation.qmd                   | 67 ++++++++++++-------
 4 files changed, 52 insertions(+), 34 deletions(-)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd
index 4296025..f4a4cb4 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd
@@ -1,6 +1,6 @@
-# Syntaxe Mardown dans GitLab
+# Syntaxe Markdown dans GitLab
 
-## Mardown ?
+## Markdown ?
 
 Format texte pour Ã©crire des documents structurÃ©s, mise en forme de caractÃ¨res, liens, images, citations, listes...
 
@@ -8,7 +8,7 @@ Utilisation pour : livres, articles, prÃ©sentations (ce support de formation !),
 
 ## Markdown dans GitLab
 
-Version enrichie de la syntaxe d'origine : *GitLab Flavored Markdown* :
+Version enrichie de la syntaxe dâ€™origine : *GitLab Flavored Markdown* :
 
 - spÃ©cification officielle de Markdown ([CommonMark](https://spec.commonmark.org/current/))
 - extensions de GitHub ([GFM](https://github.github.com/gfm/))
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
index 57cf308..76327c6 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
@@ -1,12 +1,12 @@
 # *Pipeline*
 
-Successions d'Ã©tapes dans l'intÃ©gration continue ou dans le dÃ©ploiement continu.
+Successions dâ€™Ã©tapes dans lâ€™intÃ©gration continue ou dans le dÃ©ploiement continu.
 
 ## IntÃ©gration continue
 
-Ensemble de pratiques utilisÃ©es en gÃ©nie logiciel consistant Ã  vÃ©rifier Ã  chaque modification de code source que le rÃ©sultat des modifications ne produit pas de rÃ©gression dans l'application dÃ©veloppÃ©e.
+Ensemble de pratiques utilisÃ©es en gÃ©nie logiciel consistant Ã  vÃ©rifier Ã  chaque modification de code source que le rÃ©sultat des modifications ne produit pas de rÃ©gression dans lâ€™application dÃ©veloppÃ©e.
 
-Le principal but de cette pratique est de dÃ©tecter les problÃ¨mes d'intÃ©gration au plus tÃ´t lors du dÃ©veloppement. De plus, elle permet d'automatiser l'exÃ©cution des suites de tests et de voir l'Ã©volution du dÃ©veloppement du logiciel. 
+Le principal but de cette pratique est de dÃ©tecter les problÃ¨mes dâ€™intÃ©gration au plus tÃ´t lors du dÃ©veloppement. De plus, elle permet dâ€™automatiser lâ€™exÃ©cution des suites de tests et de voir lâ€™Ã©volution du dÃ©veloppement du logiciel.
 
 ---
 
@@ -15,11 +15,12 @@ Exemples :
 - exÃ©cution automatique des tests
 - construction (compilation, empaquetage) de logiciels
 
-## Livraison continue
+## DÃ©ploiement continu
 
 DÃ©ploiement Ã  chaque modification de code source du rÃ©sultat de la construction du projet.
 
 Exemples :
 
 - publication du logiciel empaquetÃ©,
-- mise en ligne d'un site web...
+- mise Ã  disposition d'une bibliothÃ¨que logicielle,
+- mise en ligne dâ€™un site web...
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.qmd
index 478cafc..294a4de 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.qmd
@@ -1,6 +1,6 @@
 # `git cherry-pick`
 
-Appliquer les modifications introduites par certains commits existants sur la branche.
+Appliquer les modifications introduites par certains commits (dâ€™une autre branche) existants sur la branche.
 
 ::: {.notes}
 https://git-scm.com/docs/git-cherry-pick/fr
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
index f4ceb41..b4eaca7 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
@@ -3,14 +3,16 @@
 La documentation fait partie du processus de dÃ©veloppement.
 Elle doit Ãªtre considÃ©rÃ©e comme le code et les tests et Ã©crite lorsque la connaissance est acquise.
 
-Une documentation utile est facilement maintenue par toute l'Ã©quipe.
-Une documentation Ã  jour est utilisable pour le dÃ©veloppement et l'utisation du code.
+Une documentation utile est facilement maintenue par toute lâ€™Ã©quipe.
+Une documentation Ã  jour est utilisable pour le dÃ©veloppement et lâ€™utisation du code.
+
+---
 
 Plusieurs types de documentation
 
 - dans le code (commentaires)
 - documentation gÃ©nÃ©rale, Ã  choisir selon les besoins du projet :
-  exigences du systÃ¨me, conception, vision, portÃ©e, cas d'utilisation, schÃ©mas, diagrammes de flux, documentation utilisateur, documentation du codeâ€¦
+  exigences du systÃ¨me, conception, vision, portÃ©e, cas dâ€™utilisation, schÃ©mas, diagrammes de flux, documentation utilisateur, documentation du codeâ€¦
 - documentation du projet
 
 ## Documenter le code
@@ -19,9 +21,11 @@ Plusieurs types de documentation
 
 * reproductibilitÃ©
 * principes FAIR (*findable*, *accessible*, *interopable*, *reusable*)
-* rendre rÃ©utilisable pour d'autres, notamment vous dans le futur !
+* rendre rÃ©utilisable pour dâ€™autres, notamment vous dans le futur !
 
-NB : plus de temps est passÃ© Ã  reprendre un code qu'Ã  l'Ã©crire.
+NB : plus de temps est passÃ© Ã  reprendre un code quâ€™Ã  lâ€™Ã©crire.
+
+---
 
 ### Comment documenter ?
 
@@ -31,37 +35,43 @@ RÃ¨gles documenter un logiciel scientifique, selon [Lee et al. 2018](https://doi
 * ajouter un fichier README (voir plus loin)
 * utiliser un gestionnaire de version aussi pour la documentation
 * utiliser des outils automatiques de documentation (voir plus loin)
-* Ã©crire des messages d'erreur qui fournissent des solutions ou pointent vers la documentation
+* Ã©crire des messages dâ€™erreur qui fournissent des solutions ou pointent vers la documentation
 
-IntÃ©grer la gÃ©nÃ©ration de la documentation dans le processus d'intÃ©gration et de dÃ©ploiement continus (CI/CD).
+IntÃ©grer la gÃ©nÃ©ration de la documentation dans le processus dâ€™intÃ©gration et de dÃ©ploiement continus (CI/CD).
+
+---
 
 ### Que documenter ?
 
-Toujours documenter les blocs de code dÃ©licats, fonctions, classes, fichiers, modules, donnÃ©es d'entrÃ©e d'exempleâ€¦ selon les normes du langage :
+Toujours documenter les blocs de code dÃ©licats, fonctions, classes, fichiers, modules, donnÃ©es dâ€™entrÃ©e dâ€™exempleâ€¦ selon les normes du langage :
 
 * Java : JavaDoc
 * R : roxygen2
 * paquet R : vignette en RMarkdown, site web (*GitLab Pages*)
 
+---
+
 Utiliser des noms de variables et de fonction les plus explicites.
-S'il faut documenter les variables, c'est peut-Ãªtre qu'il faut les renommer. Exemples :
+Sâ€™il faut documenter les variables, câ€™est peut-Ãªtre quâ€™il faut les renommer. Exemples :
 
 * `plant_metadata` au lieu de `df`
 * `data_cleaned` au lieu de `df2`
 
 PrÃ©ciser le pÃ©rimÃ¨tre, les entrÃ©es, les sorties, les unitÃ©s.
 
+---
+
 Exemple de documentation *roxygen2*
 
 ```r
-#' Add together two numbers.
-#' 
-#' @param x A number.
-#' @param y A number.
-#' @return The sum of \code{x} and \code{y}.
-#' @examples
-#' add(1, 1)
-#' add(10, 1)
+#â€™ Add together two numbers.
+#â€™
+#â€™ @param x A number.
+#â€™ @param y A number.
+#â€™ @return The sum of \code{x} and \code{y}.
+#â€™ @examples
+#â€™ add(1, 1)
+#â€™ add(10, 1)
 add <- function(x, y) {
    x + y
 }
@@ -79,15 +89,19 @@ Arbitrages et raisons des choix techniques et architecturaux rÃ©alisÃ©s.
 
 Exemple de structuation : [MADR âˆ’ Markdown Architectural Decision Records](https://adr.github.io/madr/)
 
+---
+
 ### Fichier README
 
 Fichier texte `README` (format Markdown ou texte simple).
-Point d'entrÃ©e par convention pour se renseigner sur un projet et utiliser le projet.
+Point dâ€™entrÃ©e par convention pour se renseigner sur un projet et utiliser le projet.
 
-Exemple de structuration : titre, description, fonctionnalitÃ©s, dÃ©pendances techniques, installations, exemples d'utilisation.
+Exemple de structuration : titre, description, fonctionnalitÃ©s, dÃ©pendances techniques, installations, exemples dâ€™utilisation.
 
 Outil en ligne pour la mise en forme : https://readmi.xyz/
 
+---
+
 ### Autres fichiers recommandÃ©s
 
 (extensions : aucune, `.txt` ou `.md`)
@@ -96,22 +110,25 @@ Outil en ligne pour la mise en forme : https://readmi.xyz/
 - `CONTRIBUTING` : guide pour contribuer au projet
 - `LICENCE` : fichier texte avec la licence choisie
 
+---
+
 Mais aussi :
 
 - `CHANGELOG` : les changements apportÃ©s dans chaque version
-- `SUPPORT` : explications pour obtenir de l'aide sur le dÃ©pÃ´t de code
+- `SUPPORT` : explications pour obtenir de lâ€™aide sur le dÃ©pÃ´t de code
 - `SECURITY`, `CODE_OF_CONDUCT`, `ACKNOWLEDGMENTS`, `CODEOWNERS`, `FUNDING`
 
+---
+
 ### Fichiers pour le moissonnage des projets
 
 - [`CITATION.cff`](https://citation-file-format.github.io/) : texte de la citation pour le code,
 - [`codemeta.json`](https://codemeta.github.io/) : moissonnage par *Software Heritage*,
-- [`publiccode.yml`](https://docs.italia.it/italia/developers-italia/publiccodeyml-en/) : obligatoire pour les logiciels publics en Italie, utilisÃ© par [code.gouv.fr](https://github.com/codegouvfr/awesome-codegouvfr/blob/main/README.fr.md).
+  [Formulaire en ligne](https://codemeta.github.io/codemeta-generator/),
+- [`publiccode.yml`](https://docs.italia.it/italia/developers-italia/publiccodeyml-en/) ([standard](https://github.com/publiccodeyml/publiccode.yml)) :
+  obligatoire pour les logiciels publics en Italie, utilisÃ© par [code.gouv.fr](https://github.com/codegouvfr/awesome-codegouvfr/blob/main/README.fr.md) (voir [GitHub](https://github.com/codegouvfr/awesome-codegouvfr-tooling)),
+  [Formulaire en ligne](https://publiccode-editor.etalab.studio/).
 
 Voir les consignes *Software Heritage* plus loin.
 
-- Formulaire en ligne pour gÃ©nÃ©rer `codemeta.json` : https://codemeta.github.io/codemeta-generator/
-- Formulaire en ligne pour gÃ©nÃ©rer `publiccode.yml` : https://publiccode-editor.etalab.studio/
-- Outil pour gÃ©nÃ©rer `publiccode.yml` : https://github.com/codegouvfr/awesome-codegouvfr-tooling
-- S'appuyer sur le standard `publiccode.yml` : https://github.com/publiccodeyml/publiccode.yml
 
-- 
GitLab


From 0d5620b853fe06ff22167ce2aec9d53232fff38a Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Mon, 2 Sep 2024 15:58:54 +0200
Subject: [PATCH 13/21] =?UTF-8?q?Ajouter=20du=20contenur=20sur=20les=20bon?=
 =?UTF-8?q?nes=20pratiques,=20les=20tests=20et=20la=20gestion=20des=20d?=
 =?UTF-8?q?=C3=A9pendances?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

---
 .../03_00_bonnes_pratiques.qmd                |  3 ++
 04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd | 31 +++++++++++++++++-
 .../03_03_structuration.qmd                   |  3 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd     | 32 ++++++++++++++++++-
 .../03_06_dependances.qmd                     | 16 ++++++++++
 5 files changed, 82 insertions(+), 3 deletions(-)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.qmd
index f45a7af..778fba8 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.qmd
@@ -1 +1,4 @@
 # Bonnes pratiques
+
+Bon code : (rÃ©pond aux besoins et est) maintenable, rÃ©utilisable et testable.
+
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd
index 71d53bd..8a7edc9 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd
@@ -1 +1,30 @@
-# Pourquoi suivre les bonnes pratiques ?
+## Pourquoi suivre les bonnes pratiques ?
+
+### lisibilitÃ©
+
+- toujours penser aux lecteurs
+- utiliser des standards de codage pour unifier les pratiques
+
+---
+
+### clartÃ©
+
+- utiliser un code gÃ©nÃ©rique, mais pas au dÃ©pend de la clartÃ©
+- tirer avantages des fonctionnalitÃ©s du langage et Ã©viter les fonctionnalitÃ©s Ã©sotÃ©riques
+- sophistication entraÃ®ne complexitÃ©, veiller Ã  ce que l'utilitÃ© dÃ©passe le coÃ»t
+- ne pas dupliquer (*Don't Repeat Yourself*)
+- sÃ©parer par domaines (accÃ¨s aux donnÃ©es, traitement, affichage...)
+- documenter
+
+::: {.notes}
+Les doublons augmentent aussi le nombre de bogues Ã  corriger, rÃ©usiner fait donc gagner du temps.
+:::
+
+---
+
+### maintenir la qualitÃ©
+
+- automatiser les tests
+- automatiser les vÃ©rifications de code
+- automatiser la construction
+
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd
index a5852ff..18b4d41 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd
@@ -7,4 +7,5 @@
 - * : [SonarLint](https://www.sonarsource.com/products/sonarlint/)
 - Java : [checkstyle](https://checkstyle.org/), [PMD](https://pmd.github.io/),
 - Python : Flake8, isort, Black, [Ruff](https://astral.sh/ruff)
-- Rust : [clippy](https://doc.rust-lang.org/clippy/)
\ No newline at end of file
+- R : [lintr](https://lintr.r-lib.org/)
+- Rust : [clippy](https://doc.rust-lang.org/clippy/)
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd
index 8bb7b53..89eefca 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd
@@ -2,4 +2,34 @@
 
 ## Pourquoi tester
 
-## Les diffÃ©rents types de tests
+Ã‰crire des tests pour :
+
+- garantir lâ€™adÃ©quation entre les dÃ©veloppements et les attentes,
+- pouvoir modifier sans crainte et faciliter le maintien Ã  long terme du projet,
+- fournir des exemples dâ€™utilisation des composants.
+
+## Les diffÃ©rents types de tests (1/3)
+
+- Test unitaire : test de chaque composant individuellement
+- Test fonctionnel : test des fonctionnalitÃ©s de lâ€™application
+- Test de conformitÃ©
+- Test de non-rÃ©gression : menÃ©s pour dÃ©tecter la rÃ©apparition de bogues dÃ©jÃ  rÃ©parÃ©s.
+- Test de dÃ©gradations des transactions,
+
+---
+
+## Les diffÃ©rents types de tests (2/3)
+
+- Test de robustesse, dâ€™endurance, de fiabilitÃ© : pour renforcer une application dans un domaine (ergonomie, mode dÃ©gradÃ©, sÃ©curitÃ©, architectureâ€¦).
+  - Test Ã  donnÃ©es alÃ©atoires, fuzzing, https://fr.m.wikipedia.org/wiki/Fuzzing
+- Test de performance,
+- Test de charge,
+
+---
+
+## Les diffÃ©rents types de tests (3/3)
+
+- Test utilisateur : *Usability testing*
+  - Test de couloir : *hallway testing*, un test utilisateur avec des nouvelles personnes prises au hasard
+- Test dâ€™intÃ©gration : interaction de composants prÃ©alablement testÃ©s individuellement,
+- Test dâ€™acceptation, *Acceptance Testing*, test de recette : le logiciel rÃ©pond aux exigences du client
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.qmd
index 4ecadb6..2c8f762 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.qmd
@@ -1 +1,17 @@
 # GÃ©rer ses dÃ©pendances dans son dÃ©pÃ´t Git
+
+Utiliser les fichiers de constructions pour dÃ©finir les versions des dÃ©pendances.
+
+---
+
+Exemples de gestionnaires de projets :
+
+- Java :
+  - Maven : `pom.xml`
+  - Gradle : `build.gradle`
+- PHP :
+  - Composer : `composer.json`
+- Python :
+  - Hatch : `pyproject.toml`
+- Rust :
+  - Cargo : `cargo.toml`
-- 
GitLab


From 8e29a52695d36a4ed911e853793a32334d888448 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Mon, 16 Sep 2024 18:07:04 +0200
Subject: [PATCH 14/21] Correction script construction session 4

---
 .gitignore                           |  1 +
 04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd | 12 +++++++++---
 Makefile                             | 18 ++----------------
 _quarto.yml                          |  3 ++-
 4 files changed, 14 insertions(+), 20 deletions(-)

diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index d2e99ad..59b72dd 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -4,6 +4,7 @@
 public/01_initiation/
 public/02_gitlab_depot_distant/
 public/03_branches/
+public/04_avance_bonnes_pratiques/
 public/*.png
 /.quarto/
 *.Rproj
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
index fc97715..6261f69 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
@@ -1,10 +1,16 @@
 ---
 title: "Session 4 : GitLab et Git avancÃ©s et bonnes pratiques"
-format: 
-  revealjs:
-    footer: "Formation Git / Gitlab Session 4 : GitLab et Git avancÃ©s et bonnes pratiques"
+format:
+  inrae-revealjs:
+    footer: "Formation Git / GitLab âˆ’ Session 4 : GitLab et Git avancÃ©s et bonnes pratiques"
     slide-number: true
     show-slide-number: all
+    transition: none
+    menu:
+      useTextContentForMissingTitles: false
+      hideMissingTitles: true
+    fontsize: 22pt
+    self-contained: true
 editor: visual
 ---
 
diff --git a/Makefile b/Makefile
index 1f8b748..71b4708 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,10 +1,7 @@
 SHELL := /usr/bin/env bash
 
 BUILD_DIR := public
-SESSION4 := 04_avance_bonnes_pratiques
-SESSION4_DIR := $(BUILD_DIR)/$(SESSION4)
-SESSION4_INDEX := $(SESSION4_DIR)/index.html
-SESSIONS := 01_initiation 02_gitlab_depot_distant 03_branches
+SESSIONS := 01_initiation 02_gitlab_depot_distant 03_branches 04_avance_bonnes_pratiques
 SESSION_DIRS := $(SESSIONS:%=$(BUILD_DIR)/%)
 INDEXES := $(SESSIONS:%=$(BUILD_DIR)/%/index.html)
 
@@ -15,20 +12,9 @@ $(BUILD_DIR)/%/index.html:: %/index.qmd %/*.qmd
 	quarto render $< --output-dir $(BUILD_DIR)
 
 clean:
-	rm -fr $(SESSION_DIRS) $(SESSION4_DIR)
+	rm -fr $(SESSION_DIRS)
 
 run: build
 	(sleep 1 ; python3 -mwebbrowser http://0.0.0.0:8000/) &
 	(cd public/ ; python3 -m http.server)
 
-public/01_initiation/index.html::
-	sed -i -e "s/SLIDESHOW_TITLE/Session 1 : initiation Git/g" $@
-
-public/02_gitlab_depot_distant/index.html::
-	sed -i -e "s/SLIDESHOW_TITLE/Session 2 : Gitlab et dÃ©pÃ´t distant/g" $@
-
-public/03_branches/index.html::
-	sed -i -e "s/SLIDESHOW_TITLE/Session 3 : les branches/g" $@
-
-$(SESSION4_INDEX): $(SESSION4)/index.qmd
-	quarto render $< --output-dir $(SESSION4_DIR)
diff --git a/_quarto.yml b/_quarto.yml
index 2a9d1dc..43dd470 100644
--- a/_quarto.yml
+++ b/_quarto.yml
@@ -3,4 +3,5 @@ project:
   render:
     - "01_initiation/index.qmd"
     - "02_gitlab_depot_distant/index.qmd"
-    - "03_branches/index.qmd"
\ No newline at end of file
+    - "03_branches/index.qmd"
+    - "04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd"
-- 
GitLab


From da62bfadf7d42780bb462c5a1d91656cd497fec7 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Tue, 17 Sep 2024 10:56:37 +0200
Subject: [PATCH 15/21] Mise en forme

---
 01_initiation/11_etiquetage.qmd               |   2 +-
 02_gitlab_depot_distant/09_navigation.qmd     |   2 +-
 03_branches/scenario_branches_formateur.md    | 113 ++++++++++++++++++
 .../00_00_introduction.qmd                    |   9 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.qmd   |  14 ++-
 04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd     |  26 ++--
 04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.qmd  |   2 +-
 .../01_03_issue_template.qmd                  |   2 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.qmd   |   2 +-
 .../01_05_planification.qmd                   |  14 ++-
 04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd    |   6 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd |   6 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.qmd   |   2 +-
 .../01_10_mattermost.qmd                      |   2 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.qmd      |  10 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.qmd     |   2 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.qmd    |  10 +-
 .../02_03_cherry-pick.qmd                     |   2 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd |   2 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.qmd   |   2 +-
 .../03_00_bonnes_pratiques.qmd                |   3 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd |  11 +-
 .../03_02_processus.qmd                       |   2 +-
 .../03_03_structuration.qmd                   |   6 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd     |  14 ++-
 .../03_05_environnement_virtuel.qmd           |   2 +-
 .../03_06_dependances.qmd                     |   2 +-
 .../03_07_documentation.qmd                   |  42 ++++---
 .../04_00_ouverture.qmd                       |   2 +-
 .../04_01_publication.qmd                     |   2 +-
 .../04_02_choix_licence_gitlab.qmd            |   5 +-
 .../04_03_software_heritage.qmd               |   2 +-
 04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd    |   5 -
 .../05_00_plus_loin.qmd                       |  24 ++++
 04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd          |   2 +
 35 files changed, 272 insertions(+), 82 deletions(-)
 create mode 100644 03_branches/scenario_branches_formateur.md
 create mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/05_00_plus_loin.qmd

diff --git a/01_initiation/11_etiquetage.qmd b/01_initiation/11_etiquetage.qmd
index 8230997..4b57a47 100644
--- a/01_initiation/11_etiquetage.qmd
+++ b/01_initiation/11_etiquetage.qmd
@@ -153,7 +153,7 @@ Lister les Ã©tiquettes existantesÂ : dans le menu, cliquer sur *Basculer surâ€¦*
 :::
 
 :::{.column width="40%"}
-... et choisir parmi les Ã©tiquettes proposÃ©es
+â€¦ et choisir parmi les Ã©tiquettes proposÃ©es
 
 ![](images/06_03_tag_vscode_basculer2.png){width=50%}
 :::
diff --git a/02_gitlab_depot_distant/09_navigation.qmd b/02_gitlab_depot_distant/09_navigation.qmd
index 7b9053a..6067215 100644
--- a/02_gitlab_depot_distant/09_navigation.qmd
+++ b/02_gitlab_depot_distant/09_navigation.qmd
@@ -1,6 +1,6 @@
 # Navigation dans un projet GitLab {.inverse}
 
-OÃ¹ comment s'y retrouver au milieu de toutes ces informations...
+OÃ¹ comment s'y retrouver au milieu de toutes ces informationsâ€¦
 
 ----
 
diff --git a/03_branches/scenario_branches_formateur.md b/03_branches/scenario_branches_formateur.md
new file mode 100644
index 0000000..2e789cb
--- /dev/null
+++ b/03_branches/scenario_branches_formateur.md
@@ -0,0 +1,113 @@
+# ScÃ©nario GitLab Â« branches Â»
+
+Pour mÃ©moire, un document scenario_branches_utilisateurs.md doit Ãªtre fourni aux apprenants.
+
+Il reprend les instructions Ã  rÃ©aliser Ã  chaque Ã©tape.
+
+Le prÃ©sent document est destinÃ© au formateur afin de le guider de maniÃ¨re efficace dans le suivi du scÃ©nario.
+
+Trois cas d'utilisations sont dÃ©roulÃ©s
+
+- use case idÃ©al: une issue = une MR = une branche = un commit = un push = une PR
+- use case rebasage:
+- use case conflit:
+
+## PrÃ©paration formation
+
+### CrÃ©ation d'une copie du projet exercice_session3
+
+- Aller Ã  la page [du projet exercice_session3](https://forgemia.inra.fr:git-gitlab-paca/exercice_session3)
+- RÃ©cupÃ©ration du code (tgz) projet `git@forgemia.inra.fr:git-gitlab-paca/exercice_session3.git` et installation dans un nouveau rÃ©pertoire local
+
+- CrÃ©ation d'un nouveau projet dans un autre espace de nom (au choix)
+  - Nouveau nom du projet : session3_labo
+  - Description : dÃ©mo session 3, pour groupeâ€¦ , dateâ€¦
+  - VisibilitÃ© : _private_
+  - Casser le lien avec le projet source (fork relationship / relation de bifurcation) via _General settings / Advanced / Fork relationship_
+
+### Configuration du nouveau projet
+
+- DÃ©clarer les membres en fonction des prÃ©sents (Manage/Members), en rÃ´le "developper"
+- configuration Ã  faire pour empÃªcher la modification de la branche "main" par les stagiaires:
+  - bloquer qui peut modifier la branche main (settings/Merge request,Merge commit with semi-linear history )
+  - repository / protected branch et sur main, bloquer les push (no one )
+
+# Use case idÃ©al
+
+## (Formateur)
+
+- Envoyer un mail aux utilisateurs prÃ©sents avec le nom du projet Ã  cloner et le lien vers le fichier scenario_branches_utilisareur.md.
+- CrÃ©ation et affectation des issues Ã  chaque utilisateur (script Ã  venir pour automatiser cette action car c'est un peu long)
+- Au passage, expliquer qu'il joue le rÃ´le de chef de projet
+- Il explique les rÃ¨gles de MR (pas sur main) et que ce sont des conventions Ã  dÃ©finir/appliquer dÃ¨s le dÃ©but du projet
+- On choisi le modÃ¨le une branche main stable, et des branches par issues pour faire Ã©voluer le code.
+
+## (Formateur) dÃ©mo de fusion et mÃ©nage
+
+- montre le contenu de la fusion, les changements , les commits associÃ©s
+- procÃ¨de Ã  une revue de code sur les changements proposÃ©s (option)
+- valide la fusion
+- dÃ©clenche la fusion
+- s'il a le temps, fermeture de toutes les issues, mÃ©nage dans les branches et les MR en attente
+
+# Use case conflit
+
+Nous allons volontairement crÃ©er une situation de conflit, que Git va vous demander de rÃ©gler.
+
+Diapos ?
+
+Un conflit apparait lorsque deux modifications ont Ã©tÃ© faite au mÃªme endroit dans un fichier.
+Git ne sait pas choisir qu'elle est la version Ã  retenir, il va donc vous inviter Ã  rÃ©soudre le conflit vous mÃªme.
+
+## (Formateur) DÃ©mo rÃ©solution de conflit
+
+- Prise en charge de l'issue Partie2_Chapitre2_bis (crÃ©ation branche Ã  faire avant le push de la branche de l'issue prÃ©cÃ©dente)
+- Activation de la fusion prÃ©cÃ©dente sans pull (en local, main est en retard, ainsi que la branche de l'issue)
+- rÃ©cupÃ©ration de la nouvelle branche en local
+- Correction de l'erreur dans le mÃªme fichier texte
+- commit
+- push
+- Connexion Ã  la forge
+- Activation de la demande de fusion
+- Constat de l'impossibilitÃ© Ã  cause d'un conflit (git ne sait pas choisir laquelle des deux versions conserver)
+- On peut voir les marques du conflit depuis les outils de la forge
+- On peut aussi (bonne pratique) gÃ©rer ce conflit localement
+
+```bash
+git switch Partie2_Chapitre2_bis
+git fetch
+git rebase origin/main
+```
+
+- lire les messages retournÃ©s par git !!
+- ouvrir le fichier en conflit dans un Ã©diteur
+- constater les marques de conflit
+- corriger (choisir le code Ã  conserver, supprimer l'autre, supprimer les marques de conflit)
+
+```bash
+git add .
+git commit -m "Fix conflict on issue Partie2_Chapitre2_bis"
+git rebase --continue
+```
+
+# Use case rebasage
+
+On veut illustrer ici la fonctionnalitÃ© de rebasage, sans conflit.
+
+Diapos:
+
+## (Formateur) CrÃ©ation des issues
+
+- CrÃ©ation des issues et affectation aux utilisateurs
+- il s'en prÃ©voit une pour lui, afin de faire la dÃ©mo d'accompagnement
+
+## (Formateur) DÃ©mo rebasage
+
+- Constat que la troisiÃ¨me fusion ne peut Ãªtre faite parce que le dÃ©pÃ´t n'est plus Ã  jour (il ne contient pas la fusion 2 par exemple)
+
+- rÃ©solution du problÃ¨me par rebasage (on embarque dans la branche locale )
+
+```bash
+git checkout issue3
+git rebase origin/main
+```
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/00_00_introduction.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/00_00_introduction.qmd
index fa9b535..f111386 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/00_00_introduction.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/00_00_introduction.qmd
@@ -1,3 +1,10 @@
-* FonctionnalitÃ©s avancÃ©es
+# Objectifs {.inverse}
+
+----
+
+Selon vos attendus :
+
+* Autres fonctionnalitÃ©s de GitLab
+* FonctionnalitÃ©s avancÃ©es de Git
 * Bonnes pratiques de dÃ©veloppement
 * Ouverture du code
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.qmd
index 8f6e687..29f7736 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_00_gitlab.qmd
@@ -1 +1,13 @@
-# GitLab âˆ’ autres fonctionnalitÃ©s
+# Autres fonctionnalitÃ©s de GitLab {.inverse}
+
+---
+
+* syntaxe Markdown
+* *release*
+* modÃ¨les de ticket
+* organisation des projets en groupes et sous-groupes
+* gestion des tickets
+* Ã©tiquettes de projet
+* *pipeline*
+* *runner*
+* intÃ©gration Ã  Mattermost
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd
index f4a4cb4..599cc4d 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_01_gflm.qmd
@@ -1,8 +1,8 @@
-# Syntaxe Markdown dans GitLab
+# Autres fonctionnalitÃ©s de GitLab âˆ’ Syntaxe Markdown {.inverse}
 
 ## Markdown ?
 
-Format texte pour Ã©crire des documents structurÃ©s, mise en forme de caractÃ¨res, liens, images, citations, listes...
+Format texte pour Ã©crire des documents structurÃ©s, mise en forme de caractÃ¨res, liens, images, citations, listesâ€¦
 
 Utilisation pour : livres, articles, prÃ©sentations (ce support de formation !), lettres, prises de notes.
 
@@ -14,7 +14,7 @@ Version enrichie de la syntaxe dâ€™origine : *GitLab Flavored Markdown* :
 - extensions de GitHub ([GFM](https://github.github.com/gfm/))
 - extensions spÃ©cifiques Ã  GitLab
 
-## Utilisable dans...
+## Utilisable dansâ€¦
 
 - tickets
 - demandes de fusion
@@ -27,7 +27,7 @@ Version enrichie de la syntaxe dâ€™origine : *GitLab Flavored Markdown* :
 
 ---
 
-### Titre
+### Markdown de base âˆ’ Titre
 
 ```markdown
 # Titre de chapitre
@@ -37,7 +37,7 @@ Version enrichie de la syntaxe dâ€™origine : *GitLab Flavored Markdown* :
 
 ---
 
-### Paragraphes
+### Markdown de base âˆ’ Paragraphes
 
 Pour crÃ©er un nouveau paragraphe, il faut simplement laisser une ligne vide entre deux portions de texte :
 
@@ -49,7 +49,7 @@ Second paragraphe.
 
 ---
 
-### Liens
+### Markdown de base âˆ’ Liens
 
 ```markdown
 [ForgeMIA](https://forgemia.inra.fr/)
@@ -57,7 +57,7 @@ Second paragraphe.
 
 ---
 
-### Styles de texte
+### Markdown de base âˆ’ Styles de texte
 
 ```markdown
 _italique_
@@ -68,7 +68,7 @@ _italique_
 
 ---
 
-### Citation
+### Markdown de base âˆ’ Citation
 
 ```markdown
 > Ceci est une citation.
@@ -76,7 +76,7 @@ _italique_
 
 ---
 
-### Liste non ordonnÃ©e
+### Markdown de base âˆ’ Liste non ordonnÃ©e
 
 ```markdown
 * Un Ã©lÃ©ment
@@ -88,7 +88,7 @@ _italique_
 
 ---
 
-### Liste ordonnÃ©e
+### Markdown de base âˆ’ Liste ordonnÃ©e
 
 ```markdown
 1. Un Ã©lÃ©ment
@@ -100,13 +100,13 @@ _italique_
 
 ---
 
-### Image
+### Markdown de base âˆ’ Image
 
 ```markdown
 ![](https://www.inrae.fr/themes/custom/inrae_socle/logo.svg)
 ```
 
-## Extension{.smaller}
+## Extension de Markdown dans GitLab {.smaller}
 
 [Liste complÃ¨te](https://docs.gitlab.com/ee/user/markdown.html)
 
@@ -118,7 +118,7 @@ _italique_
 - Ã©quations mathÃ©matiques
 - tableaux, tableaux triables et filtrables
 - notes de bas de page
-- bloc de mÃ©tadonnÃ©es (Jekill, Hugo, RMarkdown...)
+- bloc de mÃ©tadonnÃ©es (Jekill, Hugo, RMarkdownâ€¦)
 - sommaire
 - rÃ©fÃ©rences GitLab
 - diffÃ©rences de texte
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.qmd
index aa054b5..27d3d5d 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_02_release.qmd
@@ -1 +1 @@
-# Release
+# Autres fonctionnalitÃ©s de GitLab âˆ’ Release {.inverse}
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.qmd
index a558ee1..13ba29e 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_03_issue_template.qmd
@@ -1 +1 @@
-# ModÃ¨les de ticket
+# Autres fonctionnalitÃ©s de GitLab âˆ’ ModÃ¨les de ticket {.inverse}
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.qmd
index 0593f89..9ad8d72 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_04_groupe.qmd
@@ -1 +1 @@
-# Organisation en groupe et sous-groupe
+# Autres fonctionnalitÃ©s de GitLab âˆ’ Organisation en groupe et sous-groupe {.inverse}
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.qmd
index f868781..344b05f 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_05_planification.qmd
@@ -1,4 +1,6 @@
-# Gestion des tickets
+# Autres fonctionnalitÃ©s de GitLab âˆ’ Gestion des tickets {.inverse}
+
+---
 
 - Dans un projet ou un groupe
   - Liste des tickets
@@ -30,7 +32,7 @@ Dans un projet ou un groupe de projets.
 
 ---
 
-### Modifier le tableau
+### Modifier le tableau de tickets
 
 Dans un projet ou un groupe de projets.
 
@@ -43,7 +45,7 @@ On peut crÃ©er un ticket directement dans une liste.
 
 ---
 
-### CrÃ©er un nouveau tableau
+### CrÃ©er un nouveau tableau de tickets
 
 Uniquement dans un projet.
 
@@ -51,7 +53,7 @@ PossibilitÃ© crÃ©er d'autres tableaux.
 
 ---
 
-### Filtrer un tableau
+### Filtrer un tableau de tickets
 
 Pour limiter Ã  un ou plusieurs :
 
@@ -64,7 +66,7 @@ Pour limiter Ã  un ou plusieurs :
 
 ---
 
-### Exemples de tableaux
+### Exemples de tableaux de tickets
 
 - *Open*, label *En cours*, label *RejetÃ©*, *Closed*
 
@@ -93,6 +95,6 @@ Tri par :
 
 - date de derniÃ¨re mise Ã  jour
 - prioritÃ©
-- ...
+- â€¦
 
 => La forge devient le lieu unique de sa gestion des tÃ¢ches.
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd
index c1c7981..b155758 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_06_topic.qmd
@@ -1,3 +1,5 @@
-# Ã‰tiquetter un projet
+# Autres fonctionnalitÃ©s de GitLab âˆ’ Ã‰tiquetter un projet {.inverse}
 
-Objectif : favoriser la recherche dans les projets
\ No newline at end of file
+---
+
+Objectif : favoriser la recherche dans les projets
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
index 76327c6..ec3ddd3 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
@@ -1,4 +1,6 @@
-# *Pipeline*
+# Autres fonctionnalitÃ©s de GitLab âˆ’ *Pipeline* {.inverse}
+
+---
 
 Successions dâ€™Ã©tapes dans lâ€™intÃ©gration continue ou dans le dÃ©ploiement continu.
 
@@ -23,4 +25,4 @@ Exemples :
 
 - publication du logiciel empaquetÃ©,
 - mise Ã  disposition d'une bibliothÃ¨que logicielle,
-- mise en ligne dâ€™un site web...
+- mise en ligne dâ€™un site webâ€¦
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.qmd
index dc582f8..e97d8ca 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.qmd
@@ -1 +1 @@
-# Cas d'utilisation des *runners* maison
+# Autres fonctionnalitÃ©s de GitLab âˆ’ Cas d'utilisation des *runners* maison {.inverse}
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.qmd
index 20d5d5c..857dd4c 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_10_mattermost.qmd
@@ -1 +1 @@
-# IntÃ©gratiion Ã  Mattermost
+# Autres fonctionnalitÃ©s de GitLab âˆ’ IntÃ©gration Ã  Mattermost {.inverse}
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.qmd
index 0a233ca..0f0f3ba 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_00_git.qmd
@@ -1 +1,9 @@
-# Git : fonctionnalitÃ©s particuliÃ¨res et astuces
+# Git : fonctionnalitÃ©s particuliÃ¨res et astuces {.inverse}
+
+---
+
+* crochets Git
+* alias de commande
+* `git cherry-pick`
+* `git rebase --interactive`
+* `git bisect`
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.qmd
index 914b650..5dfcd5a 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_01_hook.qmd
@@ -1,4 +1,4 @@
-# Crochets Git
+## Crochets Git
 
 ::: {.notes}
 https://git-scm.com/book/fr/v2/Personnalisation-de-Git-Crochets-Git
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.qmd
index 6fd55c7..6047a33 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_02_alias.qmd
@@ -1,10 +1,12 @@
-# Alias de commande
+## Alias de commande
 
 Objet : rendre l'utilisation de Git plus simple, facile ou familier.
 
 ---
 
-**Exemple :** pour dÃ©sindexer un fichier, on utilise la commande
+### Alias de commande âˆ’ exemple 1
+
+Pour dÃ©sindexer un fichier, on utilise la commande
 
 ```
 git reset HEAD mon_fichier.txt
@@ -24,7 +26,9 @@ git unstage mon_fichier.txt
 
 ---
 
-**Exemple :** mettre en forme l'affichage de l'historique :
+### Alias de commande âˆ’ exemple 2
+
+Pour mettre en forme l'affichage de l'historique :
 
 ```
 git config --global alias.lg "log --color --graph --pretty=format:'%Cred%h%Creset -%C(yellow)%d%Creset %s %Cgreen(%cr) %C(bold blue)<%an>%Creset' --abbrev-commit"
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.qmd
index 294a4de..950da53 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_03_cherry-pick.qmd
@@ -1,4 +1,4 @@
-# `git cherry-pick`
+## `git cherry-pick`
 
 Appliquer les modifications introduites par certains commits (dâ€™une autre branche) existants sur la branche.
 
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd
index a9b7d6b..c75309b 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd
@@ -1,4 +1,4 @@
-# `git rebase --interactive`
+## `git rebase --interactive`
 
 ::: {.notes}
 https://git-scm.com/docs/git-rebase https://git-scm.com/book/fr/v2/Les-branches-avec-Git-Rebaser-Rebasing
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.qmd
index 078160e..cfa2bca 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_05_bisect.qmd
@@ -1,4 +1,4 @@
-# `git bisect`
+## `git bisect`
 
 ::: {.notes}
 https://git-scm.com/docs/git-bisect/fr
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.qmd
index 778fba8..680dad8 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_00_bonnes_pratiques.qmd
@@ -1,4 +1,3 @@
-# Bonnes pratiques
+# Bonnes pratiques {.inverse}
 
 Bon code : (rÃ©pond aux besoins et est) maintenable, rÃ©utilisable et testable.
-
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd
index 8a7edc9..ea1ec13 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_01_pourquoi.qmd
@@ -1,19 +1,21 @@
 ## Pourquoi suivre les bonnes pratiques ?
 
-### lisibilitÃ©
+---
+
+### Suivre les bonnes pratiques pourâ€¦ la lisibilitÃ©
 
 - toujours penser aux lecteurs
 - utiliser des standards de codage pour unifier les pratiques
 
 ---
 
-### clartÃ©
+### Suivre les bonnes pratiques pourâ€¦ la clartÃ©
 
 - utiliser un code gÃ©nÃ©rique, mais pas au dÃ©pend de la clartÃ©
 - tirer avantages des fonctionnalitÃ©s du langage et Ã©viter les fonctionnalitÃ©s Ã©sotÃ©riques
 - sophistication entraÃ®ne complexitÃ©, veiller Ã  ce que l'utilitÃ© dÃ©passe le coÃ»t
 - ne pas dupliquer (*Don't Repeat Yourself*)
-- sÃ©parer par domaines (accÃ¨s aux donnÃ©es, traitement, affichage...)
+- sÃ©parer par domaines (accÃ¨s aux donnÃ©es, traitement, affichageâ€¦)
 - documenter
 
 ::: {.notes}
@@ -22,9 +24,8 @@ Les doublons augmentent aussi le nombre de bogues Ã  corriger, rÃ©usiner fait do
 
 ---
 
-### maintenir la qualitÃ©
+### Suivre les bonnes pratiques pourâ€¦ maintenir la qualitÃ©
 
 - automatiser les tests
 - automatiser les vÃ©rifications de code
 - automatiser la construction
-
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.qmd
index ccac20b..abfa37a 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_02_processus.qmd
@@ -1 +1 @@
-# PrÃ©sentation d'un processus de dÃ©veloppement
+## PrÃ©sentation d'un processus de dÃ©veloppement
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd
index 18b4d41..866b0f5 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_03_structuration.qmd
@@ -1,6 +1,8 @@
-# Structurer son code
+## Structurer son code
 
-## Utiliser des analyseurs de code
+---
+
+### Structurer son code âˆ’ Utiliser des analyseurs de code
 
 *linter* : outil de contrÃ´le (et suggestions et corrections) pour la qualitÃ© de code
 
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd
index 89eefca..afd51f0 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_04_test.qmd
@@ -1,6 +1,8 @@
-# Tester son code
+## Tester son code
 
-## Pourquoi tester
+---
+
+### Pourquoi tester
 
 Ã‰crire des tests pour :
 
@@ -8,7 +10,9 @@
 - pouvoir modifier sans crainte et faciliter le maintien Ã  long terme du projet,
 - fournir des exemples dâ€™utilisation des composants.
 
-## Les diffÃ©rents types de tests (1/3)
+---
+
+### Les diffÃ©rents types de tests (1/3)
 
 - Test unitaire : test de chaque composant individuellement
 - Test fonctionnel : test des fonctionnalitÃ©s de lâ€™application
@@ -18,7 +22,7 @@
 
 ---
 
-## Les diffÃ©rents types de tests (2/3)
+### Les diffÃ©rents types de tests (2/3)
 
 - Test de robustesse, dâ€™endurance, de fiabilitÃ© : pour renforcer une application dans un domaine (ergonomie, mode dÃ©gradÃ©, sÃ©curitÃ©, architectureâ€¦).
   - Test Ã  donnÃ©es alÃ©atoires, fuzzing, https://fr.m.wikipedia.org/wiki/Fuzzing
@@ -27,7 +31,7 @@
 
 ---
 
-## Les diffÃ©rents types de tests (3/3)
+### Les diffÃ©rents types de tests (3/3)
 
 - Test utilisateur : *Usability testing*
   - Test de couloir : *hallway testing*, un test utilisateur avec des nouvelles personnes prises au hasard
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.qmd
index 3015dfe..dbc5a4c 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_05_environnement_virtuel.qmd
@@ -1 +1 @@
-# Utiliser des environnements virtuels
+## Utiliser des environnements virtuels
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.qmd
index 2c8f762..d07da24 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_06_dependances.qmd
@@ -1,4 +1,4 @@
-# GÃ©rer ses dÃ©pendances dans son dÃ©pÃ´t Git
+## GÃ©rer ses dÃ©pendances dans son dÃ©pÃ´t Git
 
 Utiliser les fichiers de constructions pour dÃ©finir les versions des dÃ©pendances.
 
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
index b4eaca7..f38b133 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
@@ -1,4 +1,4 @@
-# Documenter
+## Documenter
 
 La documentation fait partie du processus de dÃ©veloppement.
 Elle doit Ãªtre considÃ©rÃ©e comme le code et les tests et Ã©crite lorsque la connaissance est acquise.
@@ -15,9 +15,13 @@ Plusieurs types de documentation
   exigences du systÃ¨me, conception, vision, portÃ©e, cas dâ€™utilisation, schÃ©mas, diagrammes de flux, documentation utilisateur, documentation du codeâ€¦
 - documentation du projet
 
-## Documenter le code
+---
+
+### Documenter le code
+
+---
 
-### Pourquoi documenter son code ?
+#### Pourquoi documenter son code ?
 
 * reproductibilitÃ©
 * principes FAIR (*findable*, *accessible*, *interopable*, *reusable*)
@@ -27,7 +31,7 @@ NB : plus de temps est passÃ© Ã  reprendre un code quâ€™Ã  lâ€™Ã©crire.
 
 ---
 
-### Comment documenter ?
+#### Comment documenter son code ?
 
 RÃ¨gles documenter un logiciel scientifique, selon [Lee et al. 2018](https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006561) :
 
@@ -41,7 +45,7 @@ IntÃ©grer la gÃ©nÃ©ration de la documentation dans le processus dâ€™intÃ©gration
 
 ---
 
-### Que documenter ?
+#### Que documenter dans le code ?
 
 Toujours documenter les blocs de code dÃ©licats, fonctions, classes, fichiers, modules, donnÃ©es dâ€™entrÃ©e dâ€™exempleâ€¦ selon les normes du langage :
 
@@ -61,7 +65,7 @@ PrÃ©ciser le pÃ©rimÃ¨tre, les entrÃ©es, les sorties, les unitÃ©s.
 
 ---
 
-Exemple de documentation *roxygen2*
+Exemple de documentation de code R pour *roxygen2*
 
 ```r
 #â€™ Add together two numbers.
@@ -79,11 +83,13 @@ add <- function(x, y) {
 
 - [Mastering Software Development in R âˆ’ Documentation](https://bookdown.org/rdpeng/RProgDA/documentation.html)
 
-## Documenter son projet
+---
+
+### Documenter son projet
 
 ---
 
-### DÃ©cisions techniques
+#### DÃ©cisions techniques du projet
 
 Arbitrages et raisons des choix techniques et architecturaux rÃ©alisÃ©s.
 
@@ -91,18 +97,22 @@ Exemple de structuation : [MADR âˆ’ Markdown Architectural Decision Records](htt
 
 ---
 
-### Fichier README
+#### Fichier README
 
 Fichier texte `README` (format Markdown ou texte simple).
 Point dâ€™entrÃ©e par convention pour se renseigner sur un projet et utiliser le projet.
 
 Exemple de structuration : titre, description, fonctionnalitÃ©s, dÃ©pendances techniques, installations, exemples dâ€™utilisation.
 
+::: callout-tip
+## Ressource
+
 Outil en ligne pour la mise en forme : https://readmi.xyz/
+:::
 
 ---
 
-### Autres fichiers recommandÃ©s
+#### Autres fichiers recommandÃ©s
 
 (extensions : aucune, `.txt` ou `.md`)
 
@@ -110,6 +120,12 @@ Outil en ligne pour la mise en forme : https://readmi.xyz/
 - `CONTRIBUTING` : guide pour contribuer au projet
 - `LICENCE` : fichier texte avec la licence choisie
 
+::: callout-tip
+## Ressource
+
+licences les plus frÃ©quentes chez [SPDX](https://spdx.org/licenses/).
+:::
+
 ---
 
 Mais aussi :
@@ -120,7 +136,7 @@ Mais aussi :
 
 ---
 
-### Fichiers pour le moissonnage des projets
+#### Fichiers pour le moissonnage des projets
 
 - [`CITATION.cff`](https://citation-file-format.github.io/) : texte de la citation pour le code,
 - [`codemeta.json`](https://codemeta.github.io/) : moissonnage par *Software Heritage*,
@@ -129,6 +145,4 @@ Mais aussi :
   obligatoire pour les logiciels publics en Italie, utilisÃ© par [code.gouv.fr](https://github.com/codegouvfr/awesome-codegouvfr/blob/main/README.fr.md) (voir [GitHub](https://github.com/codegouvfr/awesome-codegouvfr-tooling)),
   [Formulaire en ligne](https://publiccode-editor.etalab.studio/).
 
-Voir les consignes *Software Heritage* plus loin.
-
-
+Voir les consignes *Software Heritage* Ã  la @sec-software-heritage.
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.qmd
index 7701a8e..29092c8 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_00_ouverture.qmd
@@ -1 +1 @@
-# Licence et ouverture du code
+# Licence et ouverture du code {.inverse}
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.qmd
index ad7aa48..ce33e48 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_01_publication.qmd
@@ -1 +1 @@
-# Publier son code
+## Publier son code
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.qmd
index 86e0fe4..6a43354 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_02_choix_licence_gitlab.qmd
@@ -1,7 +1,6 @@
-# Utiliser GitLab pour choisir une licence
-
+## Utiliser GitLab pour choisir une licence
 
 NB :
 
 - exigences Ã‰tat et INRAE en matiÃ¨re de licence
-- attention aux contributions des stagiaires
\ No newline at end of file
+- attention aux contributions des stagiaires
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.qmd
index 8bc5a27..fc3a46b 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.qmd
@@ -1 +1 @@
-# Software Heritage
+## Software Heritage {#sec-software-heritage}
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd
index 7910017..a28b607 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_04_oscar.qmd
@@ -1,8 +1,3 @@
-# Ressources complÃ©mentaires
-
-- [Bonnes pratiques GitLab pour l'ESR](https://coso-college-codes-sources-et-logiciels.pages.in2p3.fr/handbook/)
-- [Documentation de la forge logicielle GitLab du CIRAD](https://gitlab.cirad.fr/cirad/documentation)
-
 ## Module de formation Oscar
 
 3 modules sont disponibles :
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/05_00_plus_loin.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/05_00_plus_loin.qmd
new file mode 100644
index 0000000..0e9c424
--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/05_00_plus_loin.qmd
@@ -0,0 +1,24 @@
+# Ressources complÃ©mentaires {.inverse}
+
+---
+
+## Ressources complÃ©mentaires âˆ’ GitLab
+
+- [Bonnes pratiques GitLab pour l'ESR](https://coso-college-codes-sources-et-logiciels.pages.in2p3.fr/handbook/)
+- [Documentation de la forge logicielle GitLab du CIRAD](https://gitlab.cirad.fr/cirad/documentation)
+- Â« [gtdonnees-gitlab2023](https://gtdonnees-gitlab2023.sciencesconf.org/) : Gitlab, le compagnon pour votre production scientifique : logiciels, donnÃ©es, publicationsâ€¦ Â»
+  - [Introduction gÃ©nÃ©rale aux forges logicielles. Gitlab : tour d'horizon et prise en main](https://gtdonnees-gitlab2023.gricad-pages.univ-grenoble-alpes.fr/intro-gitlab/)
+  - [Software Heritage, l'archive universelle Ã  la croisÃ©e des forges](https://gtdonnees-gitlab2023.sciencesconf.org/data/pages/2023_06_29_MITI_SoftwareHeritage.pdf)
+  - [Principes et exemples de mise en place de l'intÃ©gration continue sur Gitlab](https://gtdonnees-gitlab2023.gricad-pages.univ-grenoble-alpes.fr/intro-gitlab/)
+- [ChapÃ®tre *Pipeline CI/CD*](https://docs.sk8.inrae.fr/021-pipeline.html) de la *Documentation SK8 INRAE*
+
+## Ressources complÃ©mentaires âˆ’ Git
+
+- Conventions d'Ã©criture pour les commit : [Conventional Commits](https://www.conventionalcommits.org/fr/v1.0.0/)
+
+## Ressources complÃ©mentaires âˆ’ Bonnes pratiques
+
+- [UMR ISPA UMR ISPA / Formation numÃ©rique 2024 / Bonnes pratiques en dÃ©veloppement](https://forgemia.inra.fr/umr-ispa/formation-numerique-2024/dev-best-practices/)
+- [GitHub âˆ’ Best practices for a collaborative software development culture](https://resources.github.com/innersource/best-practices-collaborative-software-dev/)
+- Choix du nom des versions : [Semantic Versioning](https://semver.org/)
+- Format des notes de version : [Keep a Changelog](https://keepachangelog.com/)
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
index 6261f69..e50e2d1 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
@@ -48,3 +48,5 @@ editor: visual
 {{< include 04_02_choix_licence_gitlab.qmd >}}
 {{< include 04_03_software_heritage.qmd >}}
 {{< include 04_04_oscar.qmd >}}
+
+{{< include 05_00_plus_loin.qmd >}}
-- 
GitLab


From 7a973bcf832267d0e0632e3d1051e8c6d3ed90e2 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Tue, 24 Sep 2024 08:01:03 +0200
Subject: [PATCH 16/21] Ajouter des ressources sur README

---
 04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd | 6 ++++--
 1 file changed, 4 insertions(+), 2 deletions(-)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
index f38b133..9e595e2 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
@@ -105,9 +105,11 @@ Point dâ€™entrÃ©e par convention pour se renseigner sur un projet et utiliser le
 Exemple de structuration : titre, description, fonctionnalitÃ©s, dÃ©pendances techniques, installations, exemples dâ€™utilisation.
 
 ::: callout-tip
-## Ressource
+## Ressources
 
-Outil en ligne pour la mise en forme : https://readmi.xyz/
+- Outil en ligne pour la mise en forme : https://readmi.xyz/
+- [Art of readme version franÃ§aise](https://github.com/hackergrrl/art-of-readme/blob/master/README-fr.md)
+- [Software Release Practice](https://tldp.org/HOWTO/Software-Release-Practice-HOWTO/distpractice.html#readme)
 :::
 
 ---
-- 
GitLab


From 09bdfbb16ac2086facc26196844700350e1a6ffd Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Tue, 24 Sep 2024 08:01:47 +0200
Subject: [PATCH 17/21] Typo Markdown

---
 04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
index 9e595e2..d807169 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/03_07_documentation.qmd
@@ -107,7 +107,7 @@ Exemple de structuration : titre, description, fonctionnalitÃ©s, dÃ©pendances te
 ::: callout-tip
 ## Ressources
 
-- Outil en ligne pour la mise en forme : https://readmi.xyz/
+- Outil en ligne pour la mise en forme : <https://readmi.xyz/>
 - [Art of readme version franÃ§aise](https://github.com/hackergrrl/art-of-readme/blob/master/README-fr.md)
 - [Software Release Practice](https://tldp.org/HOWTO/Software-Release-Practice-HOWTO/distpractice.html#readme)
 :::
-- 
GitLab


From 9af039c152d6abe323d2081bde2950deb5d9ac05 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Tue, 24 Sep 2024 08:38:26 +0200
Subject: [PATCH 18/21] Ajouter 01_07_organisation_projets.qmd

---
 .../01_07_organisation_projets.qmd                    | 11 +++++++++++
 .../{01_07_pipeline.qmd => 01_08_pipeline.qmd}        |  0
 .../{01_08_runner.qmd => 01_09_runner.qmd}            |  0
 04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd                  |  5 +++--
 4 files changed, 14 insertions(+), 2 deletions(-)
 create mode 100644 04_avance_bonnes_pratiques/01_07_organisation_projets.qmd
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{01_07_pipeline.qmd => 01_08_pipeline.qmd} (100%)
 rename 04_avance_bonnes_pratiques/{01_08_runner.qmd => 01_09_runner.qmd} (100%)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_organisation_projets.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_organisation_projets.qmd
new file mode 100644
index 0000000..279b672
--- /dev/null
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_organisation_projets.qmd
@@ -0,0 +1,11 @@
+# Autres fonctionnalitÃ©s de GitLab âˆ’ Organiser les projets {.inverse}
+
+---
+
+TODO
+
+::: callout-tip
+## Ressources
+
+- Wiki de la forge CIRAD : [ScÃ©narios d'affiliation](https://gitlab.cirad.fr/cirad/documentation/-/wikis/Les%20sc%C3%A9narios)
+:::
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_pipeline.qmd
similarity index 100%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/01_07_pipeline.qmd
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/01_08_pipeline.qmd
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/01_09_runner.qmd
similarity index 100%
rename from 04_avance_bonnes_pratiques/01_08_runner.qmd
rename to 04_avance_bonnes_pratiques/01_09_runner.qmd
diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
index e50e2d1..aa655c4 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
@@ -23,8 +23,9 @@ editor: visual
 {{< include 01_04_groupe.qmd >}}
 {{< include 01_05_planification.qmd >}}
 {{< include 01_06_topic.qmd >}}
-{{< include 01_07_pipeline.qmd >}}
-{{< include 01_08_runner.qmd >}}
+{{< include 01_07_organisation_projets.qmd >}}
+{{< include 01_08_pipeline.qmd >}}
+{{< include 01_09_runner.qmd >}}
 {{< include 01_10_mattermost.qmd >}}
 
 {{< include 02_00_git.qmd >}}
-- 
GitLab


From 7e4b1a5d58ab0c5e941cd550d8bf54fee203b2e4 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Wed, 2 Oct 2024 15:56:34 +0200
Subject: [PATCH 19/21] =?UTF-8?q?Permettre=20la=20navigation=20=C3=A0=20l'?=
 =?UTF-8?q?aide=20de=20la=20molette=20de=20souris=20(comme=203fb2b999).?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

---
 04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd | 1 +
 1 file changed, 1 insertion(+)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
index aa655c4..e12afd2 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/index.qmd
@@ -5,6 +5,7 @@ format:
     footer: "Formation Git / GitLab âˆ’ Session 4 : GitLab et Git avancÃ©s et bonnes pratiques"
     slide-number: true
     show-slide-number: all
+    mouse-wheel: true
     transition: none
     menu:
       useTextContentForMissingTitles: false
-- 
GitLab


From 157d9a3e1c24891d98513e1d4d3a36d5e5449c02 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <olivier.maury@inrae.fr>
Date: Tue, 3 Dec 2024 18:37:34 +0100
Subject: [PATCH 20/21] Mentionner squash dans 02_04_rebase-i.qmd

---
 04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd | 8 ++++++++
 1 file changed, 8 insertions(+)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd
index c75309b..243a3dd 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/02_04_rebase-i.qmd
@@ -1,5 +1,13 @@
 ## `git rebase --interactive`
 
+Objet : intÃ©grer les modifications dâ€™une branche dans une autre (ou la mÃªme)
+
+Cas d'utilisation :
+
+- rÃ©Ã©crire l'historique
+- regrouper plusieurs commits (*squash*)
+
+
 ::: {.notes}
 https://git-scm.com/docs/git-rebase https://git-scm.com/book/fr/v2/Les-branches-avec-Git-Rebaser-Rebasing
 :::
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GitLab


From d04fbb5e0908d233e6b4e0c1f6a696bfe9e02516 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Maury <Olivier.Maury@inrae.fr>
Date: Mon, 3 Feb 2025 10:40:59 +0100
Subject: [PATCH 21/21] =?UTF-8?q?Ajout=20du=20badge=20num=C3=A9rique=20SWH?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

---
 04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.qmd | 10 ++++++++++
 1 file changed, 10 insertions(+)

diff --git a/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.qmd b/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.qmd
index fc3a46b..5f39f0b 100644
--- a/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.qmd
+++ b/04_avance_bonnes_pratiques/04_03_software_heritage.qmd
@@ -1 +1,11 @@
 ## Software Heritage {#sec-software-heritage}
+
+### Badge numÃ©rique
+
+Il est possible d'ajouter le badge dans le projet GitLab
+
+Menu _GÃ©nÃ©ral > Badges numÃ©riques_ :
+
+- Nom : `Software Heritage`
+- Lien : `https://archive.softwareheritage.org/browse/origin/?origin_url=https://%{gitlab_server}/%{project_path}`
+- URL de l'image : `https://archive.softwareheritage.org/badge/origin/https://%{gitlab_server}/%{project_path}`
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